结论前置：研学合同中规定家长违约扣款40%，研学机构违约扣款15%，其合法性需根据合同的具体内容以及相关法律法规来判断。一般而言，如果合同条款不违反法律法规的强制性规定，且双方是在平等、自愿的基础上签订合同的，那么这样的条款可能是合法的。但具体是否合法，还需结合实际情况进行具体分析。
分析说明：
合同条款的合法性：
- 合同是双方意思表示一致的产物，如果合同条款是双方在平等、自愿、协商一致的基础上订立的，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该条款通常被认为是合法的。
- 在研学合同中，家长和研学机构作为合同的双方，有权约定各自的权利和义务，包括违约时的责任承担方式。因此，如果扣款条款是双方真实意思的表示，且没有违反法律法规，那么其合法性是可以得到认可的。
扣款比例的合理性：
- 扣款比例是否合理，需要看合同的具体内容以及双方的权利义务是否对等。如果家长违约时扣款40%，而研学机构违约时仅扣款15%，但合同中对此有合理的解释或说明，比如家长违约给研学机构造成的损失更大，那么这样的扣款比例可能是合理的。
- 然而，如果扣款比例显失公平，或者没有合理的解释或说明，那么这样的条款可能会被视为不公平条款，其合法性可能会受到质疑。
法律法规的约束：
- 在判断合同条款的合法性时，还需要考虑相关法律法规的约束。比如，《民法典》中关于合同无效或可撤销的规定，以及关于违约责任的相关规定等。
- 如果合同条款违反了这些法律法规的强制性规定，那么该条款将被视为无效或可撤销。
法律建议：
- 在签订研学合同时，双方应仔细审查合同条款，确保条款内容合法、公平、合理。
- 如果对合同条款存在疑问或争议，应及时咨询专业律师或相关法律机构进行解答和咨询。
- 在合同履行过程中，如遇到违约情况，应依据合同条款和相关法律法规进行处理，维护自己的合法权益。
总之，研学合同中家长违约扣款40%，研学机构违约扣款15%的条款是否合法，需要根据合同的具体内容以及相关法律法规来判断。如果条款内容合法、公平、合理，且双方是在平等、自愿的基础上签订的，那么其合法性是可以得到认可的。