土地承包经营权证书档案若没有当事人参与的痕迹，其有效性需分情况讨论，具体分析如下：
一、档案记录缺失不影响证书本身合法性的情况
法定程序完备：若土地承包经营权证书的颁发严格遵循了《农村土地承包法》及相关法规规定的程序，包括但不限于承包方案经村民会议讨论通过、承包合同签订、乡镇人民政府审核、县级人民政府登记造册并发放证书等，即使档案中缺乏当事人直接参与的痕迹（如签字、指纹等），但只要能证明整个程序合法合规，证书仍具有法律效力。
当事人实际履行承包合同：如果当事人实际上已经按照承包合同的约定履行了义务，如缴纳承包费、进行土地耕作等，且这些行为得到了村集体或相关部门的认可，那么即使档案记录不完整，也不影响承包经营权的实际存在和证书的效力。
二、档案记录缺失可能影响证书有效性的情况
程序违法：如果土地承包经营权证书的颁发过程中存在程序违法的情况，如未经村民会议讨论通过、未签订承包合同、未经过乡镇人民政府审核或县级人民政府登记造册等，那么即使档案中看似有“参与痕迹”（可能是伪造或误填），证书也可能因程序违法而被认定为无效。
当事人否认参与：如果当事人明确表示未参与土地承包经营权的取得过程，且档案中确实缺乏其参与的直接证据（如签字、指纹等），同时其他证据也无法证明当事人实际取得了承包经营权，那么证书的有效性可能会受到质疑。在这种情况下，可能需要通过法律途径（如行政诉讼）来确认证书的效力。
三、法律建议
核实档案真实性：如果当事人对土地承包经营权证书的档案记录有疑问，应首先核实档案的真实性，包括是否经过合法程序形成、是否由有权机关保存等。
收集证据：当事人应积极收集与土地承包经营权取得相关的证据，如承包合同、缴费凭证、土地耕作记录等，以证明自己实际取得了承包经营权。
寻求法律帮助：如果当事人认为土地承包经营权证书的档案记录存在问题，且可能影响证书的效力，建议及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，土地承包经营权证书档案没有当事人参与的痕迹并不一定导致证书无效，关键在于证书的颁发是否遵循了法定程序以及当事人是否实际取得了承包经营权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。