可以起诉，但需要分情况来看，具体如下：

1. 从修理厂的角度出发：

   • 修理厂与企业之间存在修理合同关系，修理厂完成了修理任务，企业有义务支付修理费用。企业将钱给员工，但员工未支付给修理厂，这并不影响修理厂与企业之间的债权债务关系。修理厂可以依据修理合同，直接起诉企业要求支付修理费用。企业不能以已经将钱给员工为由进行抗辩，因为企业与员工之间的内部资金流转，不能对抗外部的合法债权人（修理厂）。
   • 如果修理厂知道企业将钱给了员工，且员工明确表示会支付修理费用，修理厂也可以选择起诉员工。但这种情况下，需要修理厂有充分的证据证明员工有支付修理费用的义务，比如员工以个人名义出具了欠条等。不过，从法律关系和举证难度上来说，起诉企业更为直接和有利。

2. 从企业的角度出发（如果企业想追回款项）：

   • 企业将钱给员工，员工未支付给修理厂，企业可以依据内部的财务管理制度或者与员工之间的约定（如果有的话），起诉员工要求返还该笔款项。这属于企业与员工之间的内部纠纷，与修理厂无关。企业需要提供证据证明已经将款项支付给员工，且员工有义务将该款项支付给修理厂或者返还给企业。

行动建议：

• 对于修理厂来说，建议先与企业沟通，要求企业支付修理费用，并保留好修理合同、维修记录、发票等相关证据。如果企业拒绝支付，可以考虑起诉企业。
• 对于企业来说，如果已经将款项支付给员工，但员工未支付给修理厂，建议企业先与员工沟通，要求员工返还款项或者支付给修理厂。如果员工拒绝，企业可以考虑起诉员工，并保留好付款凭证、与员工的沟通记录等相关证据。

在整个过程中，如果涉及金额较大或者情况复杂，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。