结论：工作12小时是否算作违法，需根据具体的工时制度及实际情况来判断。在标准工时制下，每天工作12小时通常属于违法行为；但在不定时工作制或综合计算工时工作制下，且经过了劳动部门的审批，工作时间可能相对灵活，不一定构成违法。不过，无论哪种工时制，都必须确保劳动者有必要的休息和睡眠时间，并依法支付加班费。
一、标准工时制下的违法性
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 同时，第三十八条规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。
分析：
- 在标准工时制下，如果用人单位安排劳动者每天上班12小时，且没有合理的休息安排、调休、补休措施，也未按照法律规定支付加班工资，这种做法是违法的。
- 长时间的工作可能会损害劳动者的休息权益和身体健康，与劳动法的立法目的相悖。
二、特殊工时制下的合法性
不定时工作制：
- 适用于因工作性质、特点或职责限制无法按标准工作时间衡量的职工，如高级管理人员、外勤人员等。
- 在此制度下，工作时间不受每日8小时、每周44小时的限制，但需确保职工的休息休假权利。
- 如果用人单位采用了不定时工作制，并经过了劳动部门的审批，且能够确保职工的整体工作时间和休息权益得到保障，那么上班12小时不一定违法。
综合计算工时工作制：
- 适用于交通、铁路、邮电等特殊行业需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
- 以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同。
- 在综合计算周期内，某一日（或周）实际工作时间可超过8小时（或40小时），但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分需按加班处理并支付加班工资。
- 如果用人单位采用了综合计算工时工作制，并经过了劳动部门的审批，且能够确保职工的整体工作时间和休息权益得到保障，那么上班12小时在综合计算周期内可能不违法。
依法延长工作时间：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。
- 在这些情况下，如果用人单位与工会和劳动者协商一致，并依法支付加班工资，则安排劳动者上班12小时可能是合法的，但这种情况应该是偶尔发生且有合理事由，不能成为常态。
三、劳动者权益保护
- 如果用人单位违反规定强制劳动者加班，劳动者有权拒绝。
- 若用人单位安排加班不支付加班费，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
- 劳动者应了解自己的工时制度，如认为自身权益受到侵害，可与用人单位协商，要求调整工作时间或支付加班工资。
四、加班工资的计算
- 如果用人单位安排劳动者加班，应依法支付加班工资。具体标准根据《劳动法》第四十四条执行：
- 工作日加班需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日加班应先安排补休，不能安排补休的需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定节假日加班需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
总结：工作12小时是否违法需综合考虑多种因素，包括工时制度、是否经过审批、是否支付加班工资等。在任何情况下，用人单位都应严格遵守劳动法的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。对于特殊行业或情况下的工作时间安排，需经过合法审批并采取相应的保障措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。