针对您提出的问题，即单位员工的医疗期已经结束但员工还没有好，应该如何处理，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，医疗期的设定是为了保障员工在患病或非因工负伤期间的合法权益，给予其一定的治疗和恢复时间。当医疗期结束后，如果员工仍未痊愈，我们需要根据具体情况来采取相应的措施。

一、确认员工病情及医疗期情况

1. 核实医疗期时长：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期的时长是根据员工的工作年限和病情严重程度来确定的。您需要确认员工的医疗期是否已经按照规定结束。

2. 了解员工病情：与员工或其家属沟通，了解员工的当前病情、治疗进展以及预计的康复时间。这有助于您更准确地判断员工是否需要延长医疗期或进行其他安排。

二、处理措施

1. 书面要求员工确认不能从事原工作：

   • 如果医疗期已满，且员工确实无法继续从事原工作，您应以书面形式要求员工确认这一点。这有助于明确双方的责任和义务，避免后续纠纷。

2. 另行安排工作：

   • 根据员工的实际情况和单位的工作需要，为员工另行安排适合的工作岗位。这既体现了单位对员工的关怀，也有助于员工在康复过程中逐步恢复工作能力。
   • 通知员工上班，并明确告知其新岗位的工作内容、工作时间和薪资待遇等。

3. 处理员工继续请假的情况：

   • 如果员工在另行安排工作后仍然继续请假不来上班，这构成了“不能从事由用人单位另行安排的工作”。此时，您需要员工书面确认这一点，以便根据《劳动合同法》的相关规定进行处理。
   • 根据《劳动合同法》第四十条第一项规定，单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。同时，单位应当依法支付相应的经济补偿。

4. 申请延长医疗期（针对特殊疾病）：

   • 如果员工患有特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等），且在24个月内尚不能痊愈的，根据相关规定，经企业和劳动主管部门批准，可以适当延长医疗期。
   • 您需要与员工或其家属沟通，了解是否需要申请延长医疗期，并协助员工准备相关材料，如医疗证明、诊断报告等，以便向劳动主管部门提出申请。

三、争议处理

如果双方对员工是否能够从事原工作或新工作存在争议，可以根据当地规定进行劳动能力（复工）鉴定。根据鉴定结果来处理争议，确保双方的权益得到保障。

综上所述，当单位员工的医疗期已经结束但员工还没有好时，您需要根据员工的实际情况和单位的规定来采取相应的措施。这包括书面要求员工确认不能从事原工作、另行安排工作、处理员工继续请假的情况以及申请延长医疗期（针对特殊疾病）等。同时，您也需要关注双方的争议处理，确保问题得到妥善解决。