关于车子超过红绿灯在待行区停下是否会扣分罚款的问题，这确实需要根据具体情况来判断。以下是我为您详细分析的情况：

一、不扣分罚款的情况

1. 合法进入待行区后遇红灯：

   • 待行区的设置是为了提高路口的通行效率。当您的车辆按照交通信号指示（如直行或左转信号灯亮绿灯）正常进入待行区后，如果随后信号灯变为红灯，您选择在待行区内停车等待下一个绿灯亮起再继续行驶，这是合理且合规的操作，通常不会被扣分或罚款。

2. 黄灯时已过停止线：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的规定，黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行。因此，如果您的车辆在黄灯亮起时已经越过了停止线，即使随后红灯亮起，您选择停下来等待也不会被扣分。

二、可能扣分罚款的情况

1. 红灯时进入待行区：

   • 如果您的车辆是在直行或左转信号灯为红灯时擅自闯入待行区，这明显违反了交通规定，属于违章行为。对于此类行为，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，您可能会被扣6分，并可能面临警告或者二十元以上二百元以下的罚款。

2. 待行区内违法停车：

   • 虽然车辆在合法进入待行区后遇红灯停车等待通常不会扣分，但如果您的停车时间过长，影响了其他车道的正常通行，或者违反了待行区内明确的交通标志、标线禁止停车的规定，这也可能被认定为违法行为而受到处罚。

三、特殊情况说明

• 在设有左转弯待转区的路口，当同向直行信号灯为绿灯、左转弯信号灯为红灯时，左转车辆可以进入左转弯待转区等待。此时停车是正常驾驶行为，不会被扣分或罚款。但如果直行信号灯和左转信号灯均为红灯时车辆进入待转区，则可能会被视为闯红灯，面临相应的处罚。

总结与建议

• 车辆在红灯时停在待行区是否扣分罚款，关键在于您是否遵守了交通信号灯的指示以及是否正确使用了待行区。
• 为了确保行车安全并避免不必要的违章行为和处罚，我建议您在驾驶过程中严格遵守交通信号灯指示和交通规则。
• 如果您对具体的交通规定或处罚标准有疑问，建议咨询当地交通管理部门或寻求专业法律意见。

希望以上分析能对您有所帮助，如有其他疑问，请随时提问。