三方协议只签用人单位的章是可以的，但具体还需根据单位规定和实际情况来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、三方协议盖章的常规要求

三方协议是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。在常规情况下，三方协议应由用人单位加盖公章或合同专用章，以确认其法律效力。这是因为公章或合同专用章代表了用人单位的正式意志和承诺，具有最高的法律效力。

二、只签用人单位章的具体情形

1. 单位规定与流程：

   • 不同的用人单位可能有不同的内部规定和流程。有些单位可能明确规定三方协议只需加盖用人单位的公章或合同专用章，而无需其他部门或个人的签字或盖章。在这种情况下，只签用人单位的章是符合单位规定的。

2. 实际操作中的灵活性：

   • 在实际操作中，由于各种原因（如公章不在现场、公章使用流程繁琐等），用人单位可能选择先加盖其他有效印章（如人事部门章）作为临时替代，但随后会补盖公章或合同专用章。然而，这种情况并非普遍现象，且可能存在一定的法律风险。因此，如果可能的话，最好还是要求用人单位加盖公章或合同专用章。

3. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如用人单位的公章或合同专用章因故无法使用（如被其他重要文件占用、正在办理变更手续等），且单位明确授权在此期间使用其他印章（如人事部门章）代替，那么在这种情况下，只签其他授权印章也是可以的。但这种情况需要用人单位出具明确的授权文件或说明，并保留好相关证据。

三、注意事项与建议

1. 核实印章效力：

   • 在签署三方协议前，务必核实所加盖印章的效力。可以通过向用人单位的人力资源部门咨询、查看单位的相关规定或流程等方式进行确认。确保所加盖的印章是用人单位正式授权的，且具有法律效力。

2. 保留证据：

   • 如果选择只签用人单位的章或其他授权印章，建议保留好相关证据，如用人单位的授权文件、部门负责人的签字确认等。这些证据在后续可能出现的纠纷中具有重要的证明作用。

3. 谨慎对待口头承诺：

   • 有些用人单位可能会口头承诺只签用人单位的章是有效的，但并未出具书面授权文件或说明。在这种情况下，毕业生应谨慎对待，最好要求用人单位出具书面文件或说明，以避免后续纠纷。

4. 咨询专业意见：

   • 如果对三方协议的盖章问题存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或相关法律人士的意见。他们可以根据具体情况提供针对性的法律建议和指导。

总结来说，三方协议只签用人单位的章在大多数情况下是可以的，但具体还需根据单位规定和实际情况来确定。在签署前，务必核实印章的效力，并保留好相关证据。如果有任何疑问或不确定，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议和指导。