三方协议的签订并不仅仅是盖章那么简单，还需要注意以下几点来确保协议的有效性和合法性：

首先，从法律层面来说，签字、盖章或按指印都可以使合同成立，它们具有同等的法律效力。但是，如果三方协议中明确规定了必须签字且盖章合同才生效，那么只盖章是不足以使协议生效的。这一点需要特别注意，以免因为未满足协议约定的生效条件而导致协议无效。

其次，盖章本身也需要符合一定的要求。印章必须真实、有效，且盖章主体必须具备签约资格。如果印章不真实或者盖章主体没有签约资格，那么协议的效力也会受到影响。例如，如果用人单位的印章是假的，或者盖章的是用人单位的一个无权部门，那么这份协议就可能是无效的。

此外，三方协议还需要包含所有相关方的印章。一般来说，这包括用人单位的公章、用人单位上级主管部门章（如有需要）、学校就业指导中心章以及毕业生的签字。每一个印章都代表着对应方对协议内容的认可和承诺，因此确保所有相关方都已盖章或签字确认是保障协议合法性和有效性的关键。

最后，签订三方协议时还需要仔细阅读协议条款，确保自身权益得到充分保障。如果遇到疑问或不确定之处，建议查阅相关法律法规或咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。

综上所述，三方协议的签订并不是只要盖章就可以了，还需要满足协议约定的生效条件、确保印章的真实性和有效性、包含所有相关方的印章以及仔细阅读协议条款等。只有这样，才能确保协议的合法性和有效性，保护各方的权益。