结论：在协议离婚中，若房产已明确约定归女方所有，且相关法律程序完备（如完成离婚登记和产权变更手续），则男方被起诉时，房产通常不会归男方所有。但具体是否归女方所有，还需考虑是否存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、离婚协议的法律效力
明确约定与自愿原则：
- 离婚协议是夫妻双方就离婚相关事项达成的具有法律效力的协议。若协议中明确约定房产归女方所有，且该约定是双方自愿、平等协商的结果，不违反法律法规的强制性规定，那么这一约定在协议生效后具有法律效力。
法律程序的完备性：
- 双方需共同到婚姻登记机关申请离婚登记，并在离婚协议中明确财产分割等事项。只有办理了离婚登记手续，离婚协议才正式生效，关于房产归属的约定也随之生效。
- 若房产需要办理产权变更登记手续，女方应协助完成相关手续。完成产权变更后，从法律物权角度，房产将归女方所有。
二、特殊情况下的权益处理
协议无效或可撤销的情形：
- 如果离婚协议存在欺诈、胁迫等情形，或者协议内容违反法律法规的强制性规定，该协议可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，若男方被起诉，且法院支持男方关于协议无效或可撤销的诉求，房产的产权归属需要重新确定。
约定不明或遗漏重要事项：
- 若离婚协议对房产归属的约定存在模糊不清、有歧义的地方，或者遗漏了一些重要事项（如房产后续贷款偿还、装修补偿等），男方有可能基于这些未妥善处理的问题，主张对房产享有一定权益。此时，双方可能需要进一步协商或通过诉讼方式解决争议。
共同债务的处理：
- 如果房产存在共同债务（如按揭贷款），即使离婚协议中约定房产归女方所有，男方仍需承担共同债务的清偿责任（若该债务被认定为共同债务）。但这并不影响房产产权的归属，即男方仍需按约定或法律规定履行债务清偿义务，但不影响女方对房产的所有权。不过，若男方因承担债务而导致生活困难等特殊情况，可能在一定程度上影响房产的实际分配或使用，但这需要具体案件具体分析。
三、法律建议
确保协议内容明确无误：
- 在签订离婚协议时，双方应务必明确各项条款，特别是关于房产归属的约定。避免使用模糊不清或有歧义的表述，以免引发后续争议。
尽快办理相关法律手续：
- 双方应尽快办理离婚登记手续和房产产权变更登记手续。这不仅是法律上的要求，也是保护双方权益的重要措施。
保留相关证据：
- 在协议离婚过程中，双方应保留好与房产相关的所有证据，如购房合同、贷款合同、产权证书等。这些证据在后续可能发生的争议中将起到关键作用。
寻求专业法律帮助：
- 若双方在协议离婚过程中遇到任何法律问题或争议，应及时向我咨询。我可以根据具体情况提供准确的法律意见和帮助，确保双方的权益得到妥善保护。
总之，协议离婚中房产的归属问题是一个复杂而重要的问题。双方应务必谨慎对待，确保协议内容明确无误、法律程序完备无缺。如有任何疑问或争议，请随时向我咨询。