农村房屋没有门窗，在符合其他法定条件的情况下，是可以办理不动产证的，且这一行为本身是合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律法规角度
根据《不动产登记暂行条例》及相关实施细则，农村房屋办理不动产证主要关注的是房屋的合法性、权属清晰性以及是否符合规划要求等核心要素。门窗作为房屋的一部分，虽然对于房屋的居住功能有重要影响，但并非办理不动产证的决定性因素。只要房屋本身符合当地规划、建设要求，且权属清晰无争议，即使没有门窗，也不影响其办理不动产证。
实际操作角度
房屋结构完整性：在实际操作中，不动产登记部门会关注房屋的结构完整性。没有门窗的房屋，如果其主体结构（如墙体、屋顶等）完整且符合安全标准，通常不会因此拒绝办理不动产证。但需要注意的是，如果房屋因缺乏门窗而存在安全隐患或不符合居住条件，可能会在办理过程中受到一定限制或需要额外提供相关证明材料。
规划与建设许可：农村房屋的建设需要符合当地的规划和建设许可要求。如果房屋在建设时已经获得了相应的规划许可和建设许可，且后续没有违反相关规定进行改建或扩建，那么即使没有门窗，也不影响其办理不动产证。
权属证明：办理不动产证还需要提供清晰的权属证明。这通常包括土地使用证、建设规划许可证、房屋竣工验收证明等文件。只要这些文件齐全且有效，就能证明房屋的合法性和权属清晰性，从而顺利办理不动产证。
特殊情况处理
如果农村房屋因历史原因或特殊情况导致没有门窗，且希望办理不动产证，可以采取以下措施：
补办相关手续：如果房屋在建设时缺少了某些必要的手续（如规划许可、建设许可等），可以尝试补办这些手续以符合办理不动产证的条件。
进行房屋改造：在符合规划和建设要求的前提下，对房屋进行必要的改造（如安装门窗等），以提高其居住功能和安全性，从而更顺利地办理不动产证。
咨询当地部门：由于不同地区的具体政策和要求可能存在差异，建议在办理前咨询当地的不动产登记部门或相关部门，了解具体的办理流程和要求。
建议：如果你正面临农村房屋没有门窗但希望办理不动产证的情况，建议先确认房屋的合法性、权属清晰性以及是否符合规划要求等核心要素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。