违章建筑达成的协议一般是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。违章建筑，即未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物，其存在本身就违反了城乡规划法等相关法律法规的强制性规定。因此，基于违章建筑所达成的任何协议，包括买卖、租赁、抵押等，都因其标的物的违法性而可能被认定为无效。
二、协议效力的具体分析
买卖协议：如果双方就违章建筑的买卖达成协议，由于该建筑本身无法取得合法的产权证书，因此该买卖协议很可能被认定为无效。即使双方已经交付了房屋和款项，也无法改变协议无效的法律后果。
租赁协议：对于违章建筑的租赁，同样存在法律风险。虽然租赁协议可能在一定程度上得到履行，但一旦发生纠纷，如租金支付、房屋维修、拆迁补偿等问题，租赁协议的合法性将受到质疑。法院在审理此类案件时，往往会以违章建筑为由，认定租赁协议无效。
抵押协议：违章建筑作为抵押物，其抵押协议同样可能被认定为无效。因为抵押物必须是可以依法转让的财产，而违章建筑由于无法取得合法的产权证书，因此不具备抵押物的资格。
三、法律后果与风险提示
协议无效的法律后果：如果协议被认定为无效，那么双方基于该协议所取得的财产应当予以返还。如果无法返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
风险提示：对于涉及违章建筑的协议，无论是买卖、租赁还是抵押，都存在较大的法律风险。一旦协议被认定为无效，双方可能面临财产损失、时间成本增加等不利后果。因此，在签订涉及违章建筑的协议时，务必谨慎对待，避免陷入法律纠纷。
四、建议与措施
避免涉及违章建筑：在签订任何协议时，都应当确保标的物的合法性。对于违章建筑，应当坚决避免涉及，以免陷入法律纠纷。
咨询专业律师：如果已经涉及违章建筑的相关协议，或者对协议的合法性存在疑问，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助当事人维护自身合法权益。
综上所述，违章建筑达成的协议一般是不合法的。在签订涉及房产的协议时，务必确保标的物的合法性，并咨询专业律师以获取法律意见和解决方案。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。