核心结论：股东出资不符合章程约定时，股权比例的处理需分情况讨论，具体如下：

1. 若章程已明确约定出资与股权比例的对应关系
   根据《公司法》及相关司法解释，股东应按照章程约定履行出资义务。若某股东未足额出资或出资形式不符合约定（如以非货币财产出资但未评估作价），其他股东可要求其补足出资或承担违约责任。此时，股权比例原则上仍按章程约定执行，但未出资股东可能面临以下限制：

   • 利润分配权、表决权等股东权利可能按实际出资比例行使（《公司法》第34条）；
     
   • 若未出资股东拒不补足，公司可通过股东会决议限制其权利，甚至启动股权除名程序（需符合法定条件）。
     

2. 若章程未明确约定出资与股权比例的对应关系
   此时需结合股东协议、实际出资情况及公平原则综合判断：

   • 有股东协议的：若协议中约定了出资与股权比例的调整规则（如“按实缴出资比例重新分配股权”），则按协议执行；
     
   • 无股东协议的：根据《公司法》第34条，股东通常按实缴出资比例分配利润，但股权比例本身（如表决权、剩余财产分配权）可能仍按认缴出资比例确定，除非全体股东一致同意调整。
     

3. 若股东通过虚假出资或抽逃出资损害公司利益
   其他股东或公司可依据《公司法》第28条、第35条要求其返还出资，并赔偿损失。此时，股权比例可能因出资返还而恢复至约定状态，但需通过法律程序确认（如诉讼或仲裁）。

实务建议：

• 优先通过协商或股东会决议调整股权比例，并签订补充协议明确权利义务；
  
• 若协商无果，可依据章程或股东协议向法院起诉，要求确认股权比例或追究违约责任；
  
• 修改章程或股东协议时，建议同步办理工商变更登记，避免后续纠纷。
  

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