当投资协议与公司章程中约定的股权比例不一致时，不能简单地以某一份文件为准，而应根据具体情况、相关法律规定以及不一致的性质来综合判断。以下是详细的分析和建议：
一. 法律性质与目的分析
- 投资协议：是投资者与公司或股东间就投资条件、股权比例等达成的合约，具有合同相对性，主要约束签署各方。它体现了投资者在投资过程中的具体意愿和约定。
- 公司章程：是公司的基本法律文件，规定了公司的股权结构、股东权利与义务等，对公司及内部人员具有普遍约束力，并需在公司登记机关备案，具备公示公信效力。
二. 处理原则与建议
时间维度考量：
- 若公司章程是在投资协议之后制定，并经全体投资人一致同意，通常应以公司章程为准，因其体现了最新的意思表示和公司的正式股权结构。
- 若投资协议是在公司章程之后签订，且不涉及违反法律法规或损害第三方利益，对于签约股东而言，投资协议中关于股权比例的约定可能具有优先效力，但这种变更不得对抗善意第三人。
内容性质判断：
- 股权比例作为公司章程中的核心事项，直接关系到公司的股权结构和股东权益。因此，在一般情况下，公司章程中关于股权比例的约定应具有更高的法律效力。
- 然而，如果投资协议中有特别约定，且该约定不违反法律法规和公司章程的强制性规定，如关于特定条件下股权比例的调整机制，那么该约定在特定条件下可能优先适用。
友好协商解决：
- 鉴于股权比例的不一致可能引发公司内部的纷争和不确定性，我建议首先通过友好协商的方式解决。各方可以基于投资协议和公司章程的约定，以及公司的实际运营情况，共同商讨一个合理的解决方案。
- 协商过程中，应充分考虑各方利益和诉求，确保修改后的文件既合法又合理，且能够维护公司的稳定和持续发展。
法律途径兜底：
- 如果协商无果，或冲突涉及重大法律问题，各方可以通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。但需注意，此方式耗时较长且成本较高，应谨慎选择。
综上所述，当投资协议与公司章程中约定的股权比例不一致时，应综合考虑时间维度、内容性质以及各方利益，通过友好协商寻求解决方案。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。在处理过程中，应充分尊重公司章程的基础性地位，同时保障各股东的合法权益，以确保公司的稳健运营和持续发展。如有进一步需要，您可以继续咨询我。