股东出资协议约定的出资方式与章程不符时，原则上应以公司章程为准，但股东协议中有特殊约定的除外。具体分析如下：

一. 股东出资协议与公司章程的效力关系

1. 公司章程的优先适用：在涉及公司事务管理，如股东出资等事项时，即便股东出资协议与公司章程存在不一致，公司章程作为公司的“宪法”，其效力通常优先于股东出资协议。这是因为公司章程是公司必备的自治规则，载明了公司组织和活动的基本准则，具有对外公示和对内管理的双重效力。

   • 例如，如果股东出资协议中约定以某种非货币方式出资，而公司章程中明确规定只能以货币方式出资，那么在没有其他特殊约定的情况下，应以公司章程的规定为准。

2. 股东出资协议的补充作用：股东出资协议本质上是股东之间就出资设立或经营公司所达成的合同，它主要调整股东之间的权利义务关系。当股东出资协议与公司章程不一致，且不涉及公司事务管理时，若两者均未设置冲突解决条款，原则上以股东的真实意思为准，即哪个约定最“新”，就应当适用哪个来处理。但这种情况较为少见，且需确保不违反公司章程的基本原则。

二. 特殊约定的处理

• 冲突解决条款：如果股东出资协议中明确约定了与公司章程不一致时的处理方式，即冲突解决条款，那么应按照该条款的约定执行。这是尊重股东意思自治的体现。
  • 例如，股东出资协议中约定：“本协议与公司章程不一致的，以本协议为准。”在这种情况下，即使公司章程中有不同的规定，也应以股东出资协议中的约定为准。

三. 法律依据与司法实践

• 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释的精神，公司章程是公司行为的基本准则，对外具有公示效力，对内具有管理效力。因此，在股东出资协议与公司章程不一致时，原则上应以公司章程为准。
• 司法实践中，也倾向于维护公司章程的权威性和稳定性，除非股东出资协议中有明确的特殊约定或冲突解决条款。

综上所述，在股东出资协议约定的出资方式与章程不符的情况下，原则上应以公司章程为准。但如果股东出资协议中包含了特殊约定或冲突解决条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么应按照该条款的约定执行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。