针对您提出的问题：“中标通知书上明确了数量和金额，在签订合同时候可以约定已实际使用为准吗？”以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，中标通知书与合同是两个独立的法律文件，但它们之间存在紧密的关联。中标通知书通常是在招标流程结束后，由招标方向中标方发出的确认中标结果的通知，其中会包含中标项目的数量、金额等关键信息。而合同则是双方基于中标结果，进一步明确各自权利义务的正式法律文件。
关于您的问题，是否可以在合同中约定“以实际使用为准”来替代中标通知书上的数量和金额，这主要取决于以下几个因素：
招标文件的约定：
- 如果招标文件中明确规定了合同数量、金额必须与中标通知书一致，或者对合同变更有限制性条款，那么双方在签订合同时就需要严格遵守这些规定，不能随意更改。
双方协商一致：
- 如果招标文件没有明确限制，或者双方愿意通过协商来变更中标通知书中的数量和金额，那么理论上可以在合同中约定“以实际使用为准”。但这种变更必须建立在双方充分协商、达成一致的基础上，并且最好以书面形式明确记录下来，以避免未来可能出现的纠纷。
实际操作的可行性：
- 约定“以实际使用为准”可能带来一些实际操作上的问题，比如如何确定实际使用的数量、何时进行结算等。因此，在签订合同时，双方需要充分考虑这些因素，并制定出相应的解决方案和条款。
法律风险：
- 随意变更中标通知书中的数量和金额可能涉及法律风险，特别是如果这种变更没有得到招标方的同意或者违反了相关法律法规的规定。因此，在做出这种变更之前，双方最好咨询专业的法律意见，以确保合同的合法性和有效性。
结合具体案例和法规：
- 从您提供的案例中可以看出，法院在审理买卖合同纠纷时，会重点关注合同中的具体约定以及双方的履行情况。如果合同中明确约定了“供货数量以实际发货数量为准”，并且双方对此没有异议，那么法院通常会认可这种约定。
- 同时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同受法律保护，双方应当按照约定全面履行自己的义务。因此，在签订合同时，双方应当尽可能明确、具体地约定合同条款，以避免未来可能出现的纠纷。
建议：
- 如果您希望在中标后签订合同时约定“以实际使用为准”，建议您首先仔细审查招标文件中的相关规定，确保这种变更不会违反招标文件的限制性条款。
- 其次，与招标方进行充分协商，达成一致意见，并以书面形式明确记录下来。
- 最后，在合同中详细约定如何确定实际使用的数量、何时进行结算等具体操作条款，以确保合同的可行性和有效性。
综上所述，虽然理论上可以在合同中约定“以实际使用为准”来替代中标通知书上的数量和金额，但实际操作中需要谨慎考虑多个因素，并确保合同的合法性和有效性。