结论：在甲方已与总包方结清款项，但总包方未与分包方结清的情况下，分包方可以通过协商、法律途径（如起诉或申请仲裁）以及向相关部门投诉等方式来维护自己的合法权益。
分析说明：
协商解决：
- 分包方首先可以尝试与总包方进行友好协商，了解总包方未结清款项的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
- 协商过程中，分包方可以明确提出自己的诉求，如要求总包方按照合同约定支付剩余款项，并设定合理的支付期限。
法律途径：
- 起诉：如果协商无果，分包方可以向人民法院提起诉讼，要求总包方支付拖欠的款项。在起诉前，分包方需要准备好相关证据，如合同、付款记录、沟通记录等，以证明总包方确实存在拖欠款项的行为。
- 申请仲裁：如果合同中约定了仲裁条款，或者双方事后达成了仲裁协议，分包方也可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁结果具有法律效力，且通常比诉讼程序更为快捷。
向相关部门投诉：
- 分包方还可以向当地的建设行政主管部门或相关行业协会投诉总包方的拖欠行为。这些部门或协会可能会介入调查，并协调双方解决纠纷。
特别提醒：
- 在采取任何行动之前，分包方应仔细审查与总包方签订的合同，了解合同中关于款项支付、违约责任等条款的具体约定。
- 如果合同中存在模糊或不明确的地方，分包方应及时咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保护。
- 在整个过程中，分包方应保留好所有与总包方的沟通记录、付款凭证等证据，以备不时之需。
后续行动建议：
- 如果分包方决定采取法律途径解决纠纷，建议尽快咨询专业律师，制定详细的诉讼或仲裁策略。
- 在协商或法律途径解决过程中，分包方应保持冷静和理性，避免采取过激行为导致纠纷升级。
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