在药品主体违法资格认定的情况下，处罚对象并非固定为营业执照上的公司或医疗许可证上的医院，而是取决于具体的违法主体和违法行为。以下从不同角度进行详细分析：
违法主体为公司的情况：
- 如果药品的生产、销售等环节的违法行为是由营业执照上的公司直接实施的，那么处罚对象自然就是该公司。例如，公司未经批准擅自生产药品，或者生产、销售的药品不符合国家药品标准，这些行为都直接违反了药品管理法规，应当对公司进行处罚。
- 处罚措施可能包括警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照等，具体取决于违法行为的严重程度和造成的后果。
违法主体为医院的情况：
- 如果医院在药品使用过程中存在违法行为，如使用假药、劣药，或者未按照规定管理药品等，那么处罚对象就是医院。医院作为药品的使用单位，同样需要遵守药品管理法规，确保药品的安全和有效使用。
- 对医院的处罚措施可能包括警告、罚款、没收违法所得、责令改正、吊销《医疗机构执业许可证》等，具体取决于违法行为的性质和后果。
共同违法或关联违法的情况：
- 在某些情况下，公司和医院可能共同参与药品的违法行为，或者存在关联违法行为。例如，公司向医院销售假药，医院明知是假药仍然使用。在这种情况下，公司和医院都可能成为处罚对象，需要分别承担相应的法律责任。
- 对于共同违法或关联违法的情况，执法部门会根据各自的违法行为和责任大小进行处罚，可能包括对公司和医院的双重处罚。
法律建议：
- 对于公司而言，应当严格遵守药品管理法规，确保药品的生产、销售等环节符合法律法规要求，避免违法行为的发生。
- 对于医院而言，应当加强药品管理，确保使用的药品安全有效，遵守药品使用规定，防止因药品使用不当而引发的法律责任。
- 如果发生药品违法行为，无论是公司还是医院，都应当积极配合执法部门的调查和处理工作，主动承担责任并采取措施进行整改。
可能法律后果：
- 违法行为可能导致严重的法律后果，包括罚款、没收违法所得、吊销许可证或执照等行政处罚，甚至可能涉及刑事责任。
- 违法行为还可能对公司的声誉和医院的信誉造成严重影响，导致患者信任度下降、业务受损等后果。
因此，在药品主体违法资格认定的情况下，处罚对象并非固定不变，而是需要根据具体的违法主体和违法行为来确定。如果有任何关于药品违法资格认定或处罚的法律问题，可以直接向我咨询。