结论：仅凭“协议签了”为由拆除附属仓库且未给予相应权益，这一行为是否合法不能一概而论，需要结合协议的具体内容、拆除行为的合法性以及权益补偿的合理性等多个方面进行综合判断。
分析如下：
协议内容的关键性：
- 首先，要仔细审查所签订的协议内容。协议中是否明确规定了拆除附属仓库的条件、程序以及权益补偿的方式和标准。如果协议中有明确且合法的约定，那么双方应当按照协议履行。若拆除行为符合协议约定，且权益补偿也已到位，那么这一行为就是合法的。
- 反之，如果协议中没有相关规定，或者规定模糊、不明确，甚至存在违法条款，那么拆除行为就可能缺乏合法依据。
拆除行为的合法性：
- 拆除附属仓库是否经过了合法的审批程序，比如是否获得了相关的建设规划许可、拆除许可等。如果未经合法审批擅自拆除，那么这一行为就是违法的。
- 同时，拆除过程中是否遵循了相关的法律法规，比如是否对周边环境造成了影响、是否采取了必要的安全措施等。如果拆除行为违反了相关法律法规，也可能面临法律责任。
权益补偿的合理性：
- 即使协议中有关于拆除附属仓库和权益补偿的约定，也需要评估补偿的合理性。补偿是否足以弥补因拆除行为给对方造成的损失，包括直接损失和间接损失。
- 如果补偿明显不合理，低于市场价值或实际损失，那么对方有权要求增加补偿或采取其他法律措施维护自己的权益。
建议：
- 如果你认为自己的权益受到了侵害，首先应当仔细审查协议内容，了解自己的权利和义务。
- 其次，收集相关证据，包括协议文本、拆除行为的照片或视频、权益损失的评估报告等，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
- 最后，你可以考虑通过协商、调解或诉讼等方式来维护自己的权益。如果选择诉讼，建议咨询专业律师，以便更好地制定诉讼策略和准备诉讼材料。
可能法律后果：
- 如果拆除行为违法且未给予合理补偿，你可能面临要求恢复原状、赔偿损失等法律责任。
- 同时，如果拆除行为对周边环境或公共安全造成了影响，还可能面临行政处罚或刑事责任。
因此，在处理这类问题时，务必谨慎行事，确保自己的行为合法合规，并充分维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。