结论：甲方损毁乙方种在其土地上的桃树，是否构成故意损毁财物，需根据具体情况判断，若甲方未经合法程序或乙方同意擅自损毁，则构成故意损毁财物；若甲方基于合法权利或正当理由进行损毁，则可能不构成。以下从不同角度进行分析：
一、构成故意损毁财物的情形
非法占有目的或恶意损毁：
- 如果甲方明知桃树属于乙方所有，却出于报复、泄愤或其他非法目的，故意损毁桃树，这明显符合故意损毁财物的构成要件。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，故意毁坏公私财物，数额较大或者有其他严重情节的，可构成故意毁坏财物罪。在此情况下，甲方需承担刑事责任，并可能面临赔偿乙方损失的民事责任。
无合法权利或正当理由：
- 甲方若未经乙方同意，也未通过合法程序（如诉讼、调解等）获得损毁桃树的许可，擅自损毁乙方桃树，同样构成故意损毁财物。即使甲方认为乙方种树行为侵犯了其土地使用权，也应通过合法途径解决，而非擅自采取行动。
二、不构成故意损毁财物的情形
基于合法权利或正当理由：
- 如果甲方能够证明其损毁桃树的行为是基于合法权利或正当理由，如乙方种树行为确实侵犯了甲方的土地使用权，且甲方在损毁前已通过合法途径（如通知乙方移除、向相关部门投诉等）尝试解决问题，但乙方未予理会，此时甲方的损毁行为可能被视为自力救济或正当防卫，不构成故意损毁财物。但需注意，自力救济或正当防卫的行使需严格符合法律规定的条件，否则仍可能承担法律责任。
紧急避险：
- 在极少数情况下，如果甲方的损毁行为是为了避免更大的损害发生（如桃树即将倒塌砸伤人员或损坏其他财物），且该行为是迫不得已、没有其他合理选择的情况下进行的，可能构成紧急避险。但紧急避险的认定需严格符合法律规定的条件，且甲方需承担证明其行为符合紧急避险要件的举证责任。
三、法律建议
对于甲方：
- 在发现乙方种树行为可能侵犯其土地使用权时，应首先通过合法途径与乙方沟通协商，要求乙方移除桃树或达成其他解决方案。
- 若协商无果，可向相关部门（如土地管理部门、城管部门等）投诉或寻求法律援助，通过诉讼等合法途径维护自身权益。
- 切勿擅自损毁乙方财物，以免承担不必要的法律责任。
对于乙方：
- 在种植桃树前，应确保已获得土地使用权的合法许可或与土地所有者达成合法协议。
- 若发现甲方擅自损毁其桃树，可保留相关证据（如照片、视频、证人证言等），并向公安机关报案或寻求法律援助，通过诉讼等合法途径要求甲方赔偿损失。
总结：甲方损毁乙方种在其土地上的桃树是否构成故意损毁财物，需根据具体情况判断。在处理此类纠纷时，双方应保持冷静、理性，通过合法途径解决问题，避免采取过激行为导致不必要的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。