您好，针对您提出的“申请工伤鉴定公司不配合怎么办”的问题，我可以给您提供详细的解答。

首先，根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在发生工伤，并且经过治疗伤情相对稳定后，如果存在残疾或影响劳动能力的情况，是应当进行劳动能力鉴定的。这个鉴定的申请，可以由用人单位、工伤职工本人或者其近亲属来提出，向设区的市级劳动能力鉴定委员会进行申请，并需要提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。

现在，如果公司不配合您进行工伤鉴定，您并不需要过于担心。因为根据规定，即使公司不主动申报或者不配合，您或者您的近亲属仍然有权自行向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请。而且，随着简化证明材料工作的推进，您在就诊的医疗机构获取到工伤医疗的有关资料后，就可以直接进行劳动能力鉴定的申请了。

具体操作上，您可以先收集好所有与工伤相关的医疗资料，包括诊断证明、病历、医疗费用发票等。然后，准备好工伤认定决定书（如果您已经获得了的话）。接着，您可以联系设区的市级劳动能力鉴定委员会，了解具体的申请流程和所需材料，并按照要求提交申请。

如果在这个过程中遇到任何困难或者问题，比如公司阻挠您获取医疗资料，或者劳动能力鉴定委员会对您的申请有疑问等，您都可以及时寻求法律援助或者咨询当地的劳动保障部门，他们会给您提供专业的帮助和指导。

总的来说，即使公司不配合，您仍然有权并且可以通过合法途径进行工伤鉴定申请，以维护自己的合法权益。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或者需要进一步的帮助，请随时告诉我。