结论：辞职之后，你仍然有权起诉公司在职期间扣工资的行为。
分析说明：
法律基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有获得劳动报酬的权利，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。这一权利并不因劳动者的离职而丧失。
- 如果公司在你在职期间存在扣工资的行为，这违反了劳动法的规定，你有权通过法律途径来维护自己的合法权益。
诉讼时效：
- 需要注意的是，劳动争议的诉讼时效通常为一年，从你知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。因此，如果你打算起诉公司，应确保在诉讼时效期内提起诉讼。
- 尽管你已辞职，但只要在诉讼时效期内，你仍然可以就公司在职期间扣工资的行为提起诉讼。
证据收集：
- 在提起诉讼前，你需要收集相关证据来证明公司存在扣工资的行为。这可能包括工资条、银行转账记录、公司扣工资的通知或规定等。
- 证据的充分性和真实性对于诉讼的成功至关重要，因此你需要确保所收集的证据能够有力地支持你的主张。
诉讼流程：
- 你可以先向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，如果对仲裁结果不满，再向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，你需要按照法院的要求提交证据、参加庭审等，以维护自己的合法权益。
行动建议：
- 如果你发现公司在职期间存在扣工资的行为，并且你打算辞职后起诉公司，建议你尽快收集相关证据，并咨询专业律师以了解具体的诉讼流程和注意事项。
- 在提起诉讼前，你也可以尝试与公司进行协商，看是否能够达成和解协议，以节省时间和精力。
- 如果协商无果，或者你认为公司的行为已经严重侵犯了你的合法权益，那么不要犹豫，及时通过法律途径来维护自己的权益。
后续思考：
- 在处理此类劳动争议时，除了关注工资被扣的事实外，还需要考虑是否存在其他违法行为，如未签订劳动合同、未缴纳社会保险等，这些也可能成为你起诉公司的理由。
- 同时，你也需要了解劳动争议解决的其他途径，如调解、仲裁等，以便在必要时选择最适合自己的解决方式。