加班费的规定是不应扣除已经支付的工资的。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费是劳动者在正常工作时间之外提供劳动所应获得的额外报酬。它是对劳动者额外劳动的补偿，与劳动者在正常工作时间内所获得的工资是两个独立的概念。因此，加班费不应被视为对已经支付工资的重复计算或扣除。

具体来说，加班费通常按照以下方式计算：

• 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
• 休息日加班：如果不能安排补休，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
• 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这些加班费都是基于劳动者在正常工作时间之外提供的额外劳动来计算的，与正常工资无关，因此不应扣除已经支付的工资。

实际操作与案例

在实际操作中，如果用人单位在支付加班费时扣除了已经支付的工资，这通常是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付全额的加班费。例如，如果劳动者的月工资为5000元，工作日加班了2小时，那么用人单位应支付的加班费应为：\(5000元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 1.5倍 \times 2小时\)（具体数值根据实际情况调整，此处仅为示例计算方式），而不应扣除已经支付的5000元工资中的任何部分。

法律后果与建议

如果用人单位违反了加班费支付的规定，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先可以尝试与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付加班费。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不满意，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。

建议：作为劳动者，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解加班费支付的相关规定。如果发现用人单位存在违法扣除加班费的情况，应及时收集证据并维护自己的合法权益。同时，用人单位也应严格遵守法律规定，按时足额支付加班费，以维护劳动关系的和谐稳定。

如果你在加班费支付方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。