小区人防地下停车收费在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与产权归属
《中华人民共和国民法典》相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十五条，建筑区划内规划用于停放汽车的车位、车库的归属，由当事人通过出售、附赠或者出租等方式约定。这意味着，如果开发商或物业公司拥有人防地下停车位的产权或使用权（在符合人防工程使用规定的前提下），他们有权决定如何处置这些车位，包括出租并收取费用。
- 同时，虽然人防工程产权归国家所有，但根据《中华人民共和国人民防空法》的规定，人民防空工程平时由投资者使用管理，收益归投资者所有。在小区中，若开发商是人防工程的投资者，且建设成本等方面有明确界定，则在不影响战时使用功能的前提下，可将人防工程停车位用于停车使用并收费。
其他相关法规：
- 各地可能还有具体的物业管理条例或停车管理办法等地方性法规，对小区停车位的收费进行规范。例如，一些地方规定物业服务企业可以根据物业服务合同和有关规定收取停车服务费，但需遵循合理、公开以及费用与服务水平相适应的原则。
二、收费合法性条件
产权或使用权明确：
- 如果人防地下停车位是开发商所有且未出售给业主，或者虽然已随房屋出售但保留了使用权（在符合人防工程使用规定的前提下），那么开发商或物业公司有权收取停车费。
- 对于人防工程停车位，虽然产权归国家所有，但开发商作为投资者，在符合相关规定的前提下，可以通过租赁方式将车位提供给业主使用并收取租金。
收费标准合理：
- 收费应基于合理的成本考虑和服务水平，不能过高或过低。过高的收费可能构成不当得利，而过低的收费则可能无法覆盖管理和维护成本。
- 收费标准通常需要在物业服务合同中明确约定，并向业主公示，确保收费的透明度和合理性。
程序合法：
- 收费前应进行充分的沟通和协商，确保业主的知情权和参与权。对于重大收费调整，可能需要召开业主大会进行讨论和表决。
- 收费行为应符合相关法律法规的规定，不得存在欺诈、胁迫等违法行为。
三、特殊情况下的收费问题
人防车位租赁期限：
- 人防车位的租赁期限应遵守法律规定，通常不能超过最长租赁期限20年。超出此期限的租赁行为可能面临法律风险。
违规收费：
- 如果物业公司未经业主同意擅自提高收费标准或增设收费项目，或者利用小区公共区域设置停车位并私自收费等行为均属违法。业主有权向相关部门投诉并要求退还多收的费用。
四、业主权益保护
- 监督权：业主有权对停车费的收支情况进行监督，确保费用合理、公开、透明。
- 维权途径：如认为收费不合理或不合法，业主可通过与物业公司或开发商协商、向业主委员会反映、向物价部门或相关监管部门投诉等方式维护自身权益。
总结与建议：
在判断小区人防地下停车收费是否合法时，应综合考虑人防工程的规划、建设、验收情况，以及停车位的使用权归属、收费标准、程序合法性等多个因素。对于业主而言，在租赁或使用人防工程停车位前，建议查阅相关批准文件和使用权证，确保停车位的合法性。同时，也应注意租赁合同中的条款，了解自身权益和义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。