结论前置：员工旷工遭开除，公司需遵循一系列法定程序来确保开除行为的合法性。这些程序主要包括制度依据的建立、旷工事实的核实、处理流程的规范执行以及法律风险的防范。以下是对这些程序的详细解释：
一、制度依据与前提条件
规章制度合法性：
- 公司需制定明确的考勤管理制度，如《员工手册》，其中应详细规定旷工的定义（如连续旷工多少天或月累计旷工多少天构成严重违反规章制度）、处理程序及后果。
- 规章制度必须经过民主程序制定，如职代会讨论，并向劳动者公示或告知，确保员工知晓并同意。
事实证据固定：
- 公司应准确记录员工的出勤情况，包括考勤记录（如指纹打卡、电子签到等）、工作报告等。
- 在发现员工旷工后，公司应及时收集相关证据，如监控录像、同事证言、书面通知记录等，以证明员工的旷工行为。
二、处理流程分步操作
初步调查与核实：
- HR部门在旷工发生后应尽快联系员工本人及家属，确认旷工原因，并排除不可抗力因素（如突发疾病、交通事故等）。
- 留存通话记录、沟通录音或书面回执等证据，以备后续使用。
书面催告与警示：
- 公司应向员工发出《限期返岗通知书》，明确说明旷工事实、公司规章制度及可能后果，并要求员工在指定期限内返岗。
- 通知书应通过EMS邮寄（备注“催告函”）并同步发送扫描件至员工邮箱，确保送达的有效性。
正式解除劳动关系：
- 若员工在催告期限内仍未返岗，且累计旷工天数达到制度规定的解雇阈值，公司可依法作出开除决定。
- 开除决定应以书面形式明确说明开除原因、依据及生效日期，并加盖公司公章。
- 在作出开除决定前，公司应将解除劳动合同的事实与理由通知工会，并征求工会意见。
送达开除决定与办理离职手续：
- 公司应采取直接送达、邮寄送达或公告送达等方式，确保开除决定送达员工本人，并保留送达凭证。
- 要求员工在规定时间内办理工作交接和离职手续，包括归还公司财物、结清工资等，并为公司出具解除劳动合同的证明。
三、法律风险防范要点
程序瑕疵风险：
- 公司应确保每一步处理程序都符合法律法规和规章制度的规定，避免程序瑕疵导致的法律风险。
- 例如，未履行催告程序直接解除劳动关系可能被认定为违法解除。
证据链完整性：
- 公司应确保收集的证据能够形成完整的证据链，以证明员工的旷工行为及公司的处理程序合法合规。
- 例如，考勤记录应与员工签字确认的排班表一致，催告函的寄送凭证及签收记录应妥善保存。
特殊情形处理：
- 对于医疗期员工或三期女职工等特殊情形，公司应特别注意处理方式的合法性，避免侵犯员工权益。
- 例如，医疗期员工需核实病假证明真实性，并按相关规定处理；三期女职工非严重违纪不得解除劳动关系。
四、后续争议应对
- 若员工对开除决定不服提起劳动仲裁或诉讼，公司应积极应对，提供充分证据证明开除决定的合法性和合理性。
- 公司可寻求专业法律支持，以降低诉讼成本并提高胜诉率。
总结与建议：公司在以旷工为由开除员工时，必须确保规章制度的合法性、旷工事实的准确性以及开除程序的合规性。建议公司建立标准化的操作流程，并定期审查制度的有效性。同时，加强HR部门的法律意识培训，确保在处理员工旷工问题时能够依法行事、规避风险。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。