合同签署同意甲方直接扣款，这一行为的合法性取决于合同的具体内容和相关法律法规。

1. 合同内容合法性：

   • 若合同中明确规定了甲方在特定条件下有权直接扣款，并且这一规定不违反相关法律法规的强制性规定，那么该条款是合法的，甲方依据合同条款进行扣款也是合法的。
   • 合同中的扣款条款应当清晰、明确，不得存在欺诈、胁迫等违法情形，否则该条款可能被视为无效。

2. 法律法规限制：

   • 根据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，合同双方应当遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则订立和履行合同。
   • 如果甲方直接扣款的行为违反了相关法律法规，如未经乙方同意擅自扣款或扣款金额超出了合同约定的范围，那么该行为是违法的。

3. 实际案例考量：

   • 在实际案例中，法院会综合考虑合同的具体内容、双方当事人的真实意思表示以及相关法律法规的规定，来判断甲方直接扣款的合法性。
   • 如果乙方认为甲方的扣款行为不合法，可以通过法律途径维护自己的权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

综上所述，合同签署同意甲方直接扣款是否合法，需要综合考虑合同的具体内容、相关法律法规以及实际案例等因素。如果你在这方面有具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。