工程结算在特定情况下是可以超预算的，但具体是否允许以及允许超出的比例，需根据合同约定、项目类型以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定角度
有明确约定：
- 如果发承包双方在建设工程施工合同中明确约定了结算价款调整的范围和幅度，比如允许在一定范围内（如±10%）调整，那么结算时超出合同价款在这一幅度内的，可以按约定正常结算。
- 超出该幅度的部分，则需按照合同约定的特殊处理方式处理，如重新协商定价或启动特定的审批流程。
无明确约定：
- 当合同没有明确约定时，应遵循相关法律法规和计价规范。因设计变更、工程洽商、不可抗力等合法合规原因导致工程价款增加或减少的，应根据实际情况进行调整结算。
二、项目类型角度
一般工程项目：
- 对于一般的工程项目，只要发承包双方协商一致且不存在违法违规行为，工程结算价款可以超过合同金额。竣工结算是一种动态的计算过程，它依据工程实际发生的量与额来进行计算。
特定类型项目：
- 政府采购项目：根据《政府采购法实施条例》，政府采购合同履行中，若追加与合同标的相同的货物、工程或服务的采购金额超过原合同采购金额的10%，将可能面临财政部门的责令改正、警告以及相关人员处分等后果。
- 政府投资项目：某些地方政府或部门对政府投资项目的投资概算有具体规定。例如，吉林省的《吉林省政府投资管理办法》规定，初步设计提出的投资概算若超过经批准的可行性研究报告提出的投资估算10%，项目单位需向投资主管部门报告，并可能需要重新报送可行性研究报告。
- 建设工程竣工结算备案：在部分地区，若报送备案的竣工结算文件超过中标价±10%，发包人需说明原因并提供相应证明材料。
三、法律后果与应对措施
法律后果：
- 如果工程结算金额超出合同约定且存在违法违规行为（如擅自扩大建设规模、提高建设标准、虚增工程量等），相关责任方可能会面临严肃处理，包括但不限于罚款、责令改正、警告以及相关人员处分等。
应对措施：
- 分析超预算原因：全面收集工程相关资料，将工程费用按类别详细梳理，对比预算与实际支出，找出超支严重的费用项目，并归类常见超预算原因，如设计变更、工程量计算误差、材料价格波动、施工管理不善等。
- 与相关方沟通协商：根据超预算原因，与业主、供应商、施工团队等相关方进行沟通协商，争取达成共识并共同解决问题。
- 调整预算与成本控制：根据超预算实际情况和协商结果，调整原预算，并建立动态预算管理机制。同时，加强全过程成本控制，制定详细成本控制计划，明确控制目标和责任人。
- 依法采取法律途径：如果协商无果，可依法向建设行政主管部门申请调解，或根据合同约定提起仲裁或诉讼。在选择法律途径时，需充分考虑成本、效率及可能结果等因素。
四、建议与预防措施
- 完善合同条款：在签订建设工程施工合同时，应明确约定结算价款调整的范围和幅度，以及超出部分的处理方式，以减少后续纠纷。
- 加强预算管理：提高预算编制的准确性，采用科学的编制方法和工具，并对预算进行多轮审核和校验。同时，建立动态预算管理机制，定期监控和分析预算执行情况。
- 强化风险管理：建立风险预警机制，及时发现和应对可能影响工程成本的风险因素。制定风险应对策略和预案，降低风险对项目的影响程度。
总结来说，工程结算是否可以超预算以及允许超出的比例，需根据具体情况进行综合判断。在处理此类问题时，建议从分析超预算原因、与相关方沟通协商、调整预算与成本控制以及依法采取法律途径等方面入手，以有效解决问题并预防未来类似情况的发生。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。