工程设计变更时，工程合同价款的签订需根据变更的具体情况，结合合同约定、法律规定及实际影响进行综合考量，通常可按以下方式处理：

1. 合同有明确约定时：

   • 若工程合同中已对设计变更导致的价款调整有明确条款（如变更价款的计算方法、调整程序等），双方应严格按照合同约定执行。
   • 例如，合同可能规定“设计变更引起的工程量增减，按实际完成量乘以合同单价调整总价”，或“变更价款需经双方书面确认后生效”等。

2. 合同无明确约定或约定不明时：

   • 协商确定：双方应就变更内容、价款调整等事项进行友好协商，达成一致后签订补充协议，明确变更后的价款及支付方式。
   • 参考类似工程：若协商无果，可参考类似工程的设计变更价款调整案例，结合本工程实际情况，合理确定变更价款。
   • 依据定额或市场价：根据当地建设行政主管部门发布的计价定额或市场价格信息，结合变更部分的实际工程量，计算变更价款。
   • 申请鉴定或评估：若双方对变更价款存在严重分歧，可共同委托具有资质的工程造价咨询机构进行鉴定或评估，以鉴定或评估结果作为调整价款的依据。

3. 法律原则与程序要求：

   • 公平合理原则：变更价款的调整应遵循公平、合理的原则，确保双方利益不受损害。
   • 书面确认原则：设计变更及价款调整应以书面形式确认，避免口头协议导致的纠纷。
   • 及时调整原则：变更发生后，双方应及时就价款调整进行协商并确认，避免影响工程进度和结算。

4. 特殊情况处理：

   • 因发包人原因导致的变更：若设计变更是由发包人提出的或因发包人责任造成的，发包人应承担由此增加的费用和（或）延误的工期。
   • 因承包人原因导致的变更：若设计变更是由承包人提出的或因承包人责任造成的，承包人应承担由此增加的费用和（或）延误的工期，但合同另有约定的除外。

建议：在签订工程合同时，双方应尽可能明确设计变更的价款调整条款，包括变更的范围、价款计算方法、调整程序等，以减少后续纠纷。若发生设计变更，双方应及时沟通、协商，并按照合同约定或法律规定处理价款调整事宜。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。