经营性电动自行车非法改装的处罚依据主要由《中华人民共和国道路交通安全法》及地方性法规构成，查处部门通常为交通管理部门（如交警部门）或市场监督管理部门，具体取决于改装行为的性质和阶段。以下从不同角度为您详细分析：
一、处罚依据
《中华人民共和国道路交通安全法》
- 该法明确禁止拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征，以及改变非机动车质量、制动器、外形尺寸和其他影响非机动车安全性能的行为。对于经营性电动自行车非法改装，若涉及改变车辆结构、构造或特征，将直接违反此法规定。
地方性法规
- 各地根据实际情况制定了具体的电动自行车管理规定，这些规定通常会对非法改装行为设定更具体的处罚标准和执行细则。例如，某些地区可能明确规定了非法改装电动自行车的罚款金额、扣留车辆的条件等。
二、查处部门
交通管理部门（如交警部门）
- 交通管理部门是负责道路交通安全和秩序的主要部门，对于在道路上行驶的非法改装电动自行车，交警部门有权进行查处。他们可能会对车辆进行扣留，要求车主恢复原状，并处以罚款等处罚。
市场监督管理部门
- 如果非法改装行为发生在电动自行车的生产、销售环节，或者涉及经营性改装服务（如维修店、改装店等），市场监督管理部门则可能成为查处部门。他们会对相关企业或个人进行监管，确保其遵守相关法律法规，防止非法改装行为的发生。
三、具体处罚措施
罚款
- 根据违法行为的严重程度和地方性法规的规定，对非法改装电动自行车的行为处以警告或者一定金额的罚款，如50元至200元不等。
扣留车辆
- 对于存在严重安全隐患的非法改装电动自行车，交通管理部门有权依法扣留车辆，直至车主消除违法状态并接受处理。
责令恢复原状
- 被查处的非法改装电动自行车，车主需按照要求将车辆恢复至出厂时的原始状态，包括拆除加装的车棚、车厢、座位等装置，恢复限速装置、脚踏骑行功能等。
其他处罚
- 如果非法改装行为导致交通事故或其他严重后果，车主还可能承担民事赔偿责任，甚至面临刑事责任。对于多次违法或拒不改正的车主，可能会采取更严厉的措施，如暂扣或吊销驾驶证（如果涉及机动车驾驶资格）、行政拘留等。
四、建议与提醒
- 遵守法律法规：经营性电动自行车的生产、销售和使用应严格遵守相关法律法规，避免非法改装行为的发生。
- 加强监管：相关部门应加强对电动自行车市场的监管力度，确保市场上的电动自行车符合安全标准，防止非法改装行为流入市场。
- 提高安全意识：车主应提高安全意识，认识到非法改装电动自行车的危害性和法律后果，自觉抵制非法改装行为。
如果您在经营性电动自行车非法改装方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。