电动自行车和电动摩托车的非法改装查处部门主要依据车辆类型及改装性质来确定，具体如下：

1. 电动自行车非法改装查处部门：

   • 市场监督管理部门：电动自行车作为非机动车，其生产、销售环节受到市场监督管理部门的严格监管。若电动自行车在销售前或销售过程中被非法改装，如加装电池、改变电机功率等，市场监督管理部门有权进行查处，并依据相关法律法规对违规商家进行处罚。
   • 公安交通管理部门：对于已经上牌的电动自行车，如果车主私自进行非法改装，如拆除限速装置、改变车辆结构等，公安交通管理部门在路面执法过程中发现后，有权对车主进行处罚，并要求恢复原状。

2. 电动摩托车非法改装查处部门：

   • 公安交通管理部门：电动摩托车属于机动车范畴，其改装行为受到公安交通管理部门的严格监管。无论是销售前的改装还是销售后的私自改装，如改变发动机性能、加装非法装置等，公安交通管理部门都有权进行查处，并依据《道路交通安全法》等相关法律法规对违规者进行处罚。
   • 交通运输管理部门：在特定情况下，如电动摩托车用于营运或涉及道路运输安全时，交通运输管理部门也可能参与对非法改装行为的查处。这主要取决于改装行为是否影响了车辆的安全性能或是否违反了道路运输相关规定。

法律背景与建议：

• 法律背景：电动自行车和电动摩托车的非法改装行为不仅违反了相关法律法规，还严重威胁了道路交通安全。非法改装可能导致车辆性能不稳定，增加事故风险，对车主和其他道路使用者的生命财产安全构成威胁。
• 法律建议：作为车主，应严格遵守相关法律法规，不私自对电动自行车或电动摩托车进行非法改装。如果需要改装，应咨询专业机构或厂家，确保改装行为合法合规。同时，对于发现的非法改装行为，应及时向相关部门举报，共同维护道路交通安全。

可能法律后果：

• 对于非法改装电动自行车或电动摩托车的商家或车主，可能面临罚款、没收违法所得、责令恢复原状等行政处罚。
• 如果非法改装行为导致交通事故发生，改装者还可能承担相应的民事赔偿责任或刑事责任。

如有任何关于交通运输领域的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。