企业以考核不合格为由扣职工绩效工资，在符合法律规定的条件下是合法的，但若违反相关法律规定则不合法。以下是对此问题的详细分析：

合法情形及条件

1. 制度依据：

   • 企业应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容，确保劳动者清楚了解考核规则和绩效工资的发放条件。

2. 合同约定：

   • 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则企业有权根据绩效考核结果扣减工资。

3. 合理性与公正性：

   • 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。企业需有充分的证据证明员工的绩效确实未达到考核标准，如员工签字确认的绩效评估表、工作任务完成记录等。同时，扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。

4. 法律底线：

   • 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。这是保障劳动者基本生活权益的重要底线，企业不得违反。

不合法情形及后果

1. 无制度或合同依据：

   • 若企业未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则企业无权擅自扣减劳动者的工资。

2. 考核过程不公正：

   • 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则企业基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。

3. 违反法律底线：

   • 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定，则企业的行为构成违法。

4. 法律后果：

   • 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业补发工资并承担相应的法律责任。这可能包括支付拖欠的工资、经济补偿金以及可能的赔偿金等。

实际建议

• 劳动者角度：若认为企业以考核不合格为由扣减绩效工资的行为不合法，首先应尝试与企业进行协商沟通，了解扣减的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

• 企业角度：企业应加强内部管理，完善绩效考核制度，确保考核的公平公正和合法合规。在制定和执行绩效考核制度时，必须严格遵守相关法律法规和劳动合同约定，避免不必要的法律纠纷和经济损失。

综上所述，企业以考核不合格为由扣职工绩效工资是否合法，取决于多个因素的综合考量。若您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。