关于房租一年5万时违约金的计算方式，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同中有明确约定违约金条款
   根据《民法典》第五百八十五条，违约金数额以合同约定为准。例如合同约定“逾期支付房租需按日支付未付金额的0.5%作为违约金”，则计算方式为：
   每日违约金 = 未付金额 × 0.5%
   若拖欠1万元房租，每日违约金为50元，直至付清为止。
   注意：若约定违约金过高（如超过实际损失的30%），违约方可依据《民法典》第五百八十五条第二款请求法院或仲裁机构调整。

2. 若合同未约定违约金，但约定了定金条款
   根据《民法典》第五百八十七条，定金数额不得超过主合同标的额的20%（即一年房租5万的20%为1万元）。若支付定金方违约，定金不退；若收受定金方违约，需双倍返还定金。
   示例：租客支付1万元定金后违约，房东可没收定金；若房东违约，需返还2万元。

3. 若合同既未约定违约金，也未约定定金
   根据《民法典》第五百八十四条，违约方需赔偿守约方的实际损失，包括直接损失（如重新出租的中介费、空置期租金）和间接损失（如因违约导致的其他交易机会丧失）。
   计算逻辑：

   • 房东需证明实际损失金额（如提供中介合同、空置期证据）；
     
   • 租客可主张损失过高要求调整，但需承担举证责任。

实务建议：

• 签订合同时，建议明确约定违约金计算方式（如“逾期支付房租超过15日，按未付金额的20%支付违约金”），避免争议；
  
• 若已发生纠纷，可先协商调整违约金数额，协商不成再通过诉讼或仲裁解决；
  
• 违约金与赔偿损失不可同时主张，需选择对己方更有利的方式。
  

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况为您分析。