若仲裁阶段已裁决用人单位违法辞退且应继续履行劳动合同，劳动者可直接依据裁决书要求用人单位恢复劳动关系。具体申请流程及注意事项如下：

一、申请流程

1. 确认裁决书生效
   根据《劳动争议调解仲裁法》第五十条，若用人单位未在收到裁决书后15日内向法院起诉，裁决书即生效。劳动者需先确认裁决书已生效（可通过仲裁委或法院查询状态）。

2. 书面要求用人单位履行
   向用人单位发送书面通知（如EMS邮寄，留存寄送凭证），要求其按裁决书内容恢复劳动关系，并明确岗位、薪资、工作地点等关键条款。若用人单位拒绝，需在通知中注明其违约行为及后续措施。

3. 申请法院强制执行
   若用人单位仍不履行，劳动者可向用人单位所在地或劳动合同履行地的基层法院申请强制执行。需提交材料包括：

   • 生效的仲裁裁决书原件及复印件；
     
   • 申请执行书（写明双方信息、裁决内容、执行请求）；
     
   • 劳动者身份证明及用人单位工商登记信息。

4. 执行过程中的配合
   法院受理执行申请后，会向用人单位发出执行通知，并可能采取查封财产、冻结账户等措施。劳动者需配合法院提供线索（如用人单位实际经营地、财产状况等），并保留与用人单位沟通的证据（如短信、邮件等）。

二、关键注意事项

1. 时效性
   申请强制执行的期限为2年，自裁决书规定履行期限的最后一日或用人单位明确表示不履行之日起计算。逾期将丧失申请权。

2. 薪资补偿主张
   若用人单位在仲裁裁决后至实际恢复劳动关系期间未支付工资，劳动者可同时主张该期间工资损失（按原工资标准计算）。需在申请执行时明确诉求，或另行提起诉讼。

3. 岗位与薪资争议处理
   若用人单位以“原岗位已不存在”或“薪资调整”为由拒绝履行，劳动者可主张：

   • 用人单位需提供岗位撤销的合法依据（如经营困难、组织架构调整等）；
     
   • 薪资调整需经劳动者同意，否则仍应按原合同执行。
     若协商无果，可再次申请仲裁或诉讼。

4. 用人单位拒不执行的后果
   根据《民事诉讼法》第二百六十二条，用人单位拒不履行生效裁决的，法院可对其罚款、拘留，甚至将法定代表人纳入失信被执行人名单，限制高消费等。

三、特殊情形处理

1. 用人单位注销或破产
   若用人单位在仲裁后注销，劳动者可向股东、出资人或清算组主张权利；若进入破产程序，需向管理人申报债权，优先清偿工资及经济补偿。

2. 劳动者已入职新单位
   若劳动者在仲裁期间已入职新单位，需评估是否愿意放弃原劳动关系。若选择继续履行原合同，需与新单位协商解除劳动关系，并保留相关证据以防纠纷。

建议：整个过程中，劳动者需保留所有书面证据（如裁决书、通知、沟通记录等），并定期与仲裁委或法院沟通进展。若遇复杂情况（如用人单位恶意转移财产、拒不配合执行等），可委托律师介入，通过法律手段维护权益。