在农村耕地承包合同中设置租金逾期未交则押金不退的条款时，核心要点在于条款的合法性、明确性及可操作性。以下是一个合法且清晰的条款示例及解析，供你参考：

条款示例

“乙方（承包方）应于每年XX月XX日前向甲方（发包方）支付当年耕地承包租金人民币XX元。若乙方逾期支付租金超过XX日，则甲方有权没收乙方已支付的押金人民币XX元，作为乙方违约的赔偿，且甲方保留进一步追讨剩余租金及违约金的权利。”

解析与注意事项

1. 合法性基础：

   • 押金性质：首先需明确押金在此合同中的性质，它通常作为乙方履行合同义务的担保。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。定金合同自实际交付定金时成立，且定金的数额由当事人约定，但不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。虽然此处用的是“押金”而非“定金”，但为确保合法性，建议押金数额也参照此比例设定，或明确在合同中说明押金不适用定金罚则但作为违约赔偿的一部分。
   • 违约处理：条款中应明确逾期支付租金构成违约，以及违约后押金的处理方式，这符合合同自由原则，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，即为有效。

2. 明确性与可操作性：

   • 支付时间与金额：条款中应明确租金的支付时间、金额，以及押金的数额，避免模糊不清导致争议。
   • 逾期期限：设定一个合理的逾期期限，如“逾期超过XX日”，以便双方有明确的预期。
   • 没收押金后的权利：明确甲方在没收押金后，仍有权追讨剩余租金及可能的其他违约金，以保障甲方权益。

3. 风险提示与建议：

   • 公平原则：在设定此类条款时，应遵循公平原则，确保条款内容对双方都是合理的，避免一方利用优势地位制定不公平条款。
   • 协商一致：合同条款应经双方协商一致后确定，确保双方对条款内容都有充分的理解和认可。
   • 书面形式：合同应采用书面形式，明确双方的权利义务，以便在发生争议时有据可查。

4. 替代方案考虑：

   • 如果担心押金没收条款可能引发的争议，也可以考虑设置逾期利息或违约金条款，即乙方逾期支付租金时，需按日支付一定比例的逾期利息或一次性支付违约金，这样同样能起到督促乙方按时支付租金的作用，且可能更容易被双方接受。

在制定农村耕地承包合同时，务必确保所有条款都符合法律法规的规定，且双方对条款内容都有充分的理解和认可。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。