离职时年假是否休完按照自然日计算，需分情况讨论，具体如下：

1. 年假天数的计算基础
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第三条，年假天数按职工“累计工作时间”计算，而非仅在当前单位的工作年限。例如：

   • 累计工作满1年不满10年：年假5天
     
   • 满10年不满20年：年假10天
     
   • 满20年：年假15天
     关键点：年假天数以“工作日”为基准，但实际休假时可能包含周末或法定节假日（如春节调休），此时需区分“应休天数”与“实际占用自然日”。

2. 离职时年假未休完的处理

   • 情况一：年假已按自然日休完（含周末）
     若员工在离职前已休完年假，即使休假期间包含周末或法定节假日，用人单位通常无需额外补偿。例如：员工休5天年假，期间包含1个周末（2天），实际占用自然日为7天，但年假仍按5天计算，用人单位无需补休或支付工资。
     
   • 情况二：年假未休完或未休
     根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，用人单位应按员工日工资收入的300%支付未休年假工资报酬（含已支付的正常工资，实际额外支付200%）。计算方式：
     $\( \text{未休年假工资} = \frac{\text{月工资}}{21.75} \times \text{未休天数} \times 200\% \)$
     （21.75为月计薪天数，月工资指前12个月平均工资剔除加班费后的数额）

3. 年假休假的“自然日”争议点

   • 用人单位安排休假：若年假由单位统一安排（如春节集中休假），期间包含法定节假日或周末，年假天数按计划的工作日计算，不因自然日延长而增加。
     
   • 员工自行申请休假：若员工申请的年假期间包含非工作日（如周末），用人单位通常按实际申请的天数扣减年假余额，但法律未明确禁止此类操作。建议：员工申请休假时，可与单位确认是否按“工作日”或“自然日”扣减年假，避免纠纷。

4. 实务建议

   • 员工：离职前核对年假余额，若未休完可要求单位支付工资或补休；若已休完但包含非工作日，无需主动返还天数。
     
   • 用人单位：制定明确的年假制度，在劳动合同或规章制度中约定“年假按工作日计算，休假期间包含非工作日不额外扣减”，减少争议。

总结：离职时年假是否按自然日计算，需结合年假天数的基础（累计工作时间）、休假安排方式（单位统一或员工申请）以及未休年假的补偿规则综合判断。若有具体案例或争议，可进一步向我咨询细节。