针对您提出的“行政处罚立案超过90天怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条的规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。这一规定旨在保障行政效率与当事人权益的平衡，防止案件久拖不决。

一、超期未结案的可能后果

若行政处罚案件立案后超过九十日仍未办结，且没有合法的延期理由，这可能构成程序违法。在行政诉讼中，法院可能会以“超期办案”为由撤销该行政处罚决定。因此，行政机关应尽量避免超期办案，确保案件在法定期限内办结。

二、法定延期的情况与程序

当然，也存在一些特殊情况，如案情复杂、重大违法行为需集体讨论等，这些情况下行政机关可以申请延期。但延期必须满足以下条件：

1. 情形限定：仅适用于特定情况，如案情复杂、重大违法行为等。
2. 程序要求：必须经本机关负责人批准，并书面告知当事人延期事由及期限。
3. 次数限制：法律未明确允许多次延期，实践中通常仅限一次。

三、超期后的补救措施

如果行政处罚案件已经超期，行政机关可以采取以下补救措施：

1. 尽快结案：优先完成调查取证、听证等程序，并尽快作出行政处罚决定。
2. 主动纠错：若发现存在程序瑕疵，可依法撤销原立案决定并重新启动程序（但需注意时效问题）。
3. 沟通解释：向当事人说明超期原因及处理进展，以降低法律风险。

四、实务操作建议

为了避免行政处罚案件超期，行政机关可以采取以下措施：

1. 严格把控时间节点：建立案件台账，设置临近九十日的预警机制，提前评估是否需要延期。
2. 规范延期审批流程：制作统一格式的延期申请书，明确记录批准人、事由及延长时限，并将延期决定书及时送达当事人并留存送达凭证。
3. 强化内部监督与追责：定期清理长期未结案件，对无故拖延的责任人进行问责，通过绩效考核倒逼执法效率提升。

五、结论与提醒

新行政处罚法对九十日期限的规定具有强制约束力。行政机关应通过完善内部管理、严格审批流程、加强监督问责等措施，确保案件在法定期限内办结。对于已超期的案件，需结合具体情形采取补救措施或承担相应法律责任。

最后，我想提醒您的是，如果您作为当事人遇到了行政处罚案件超期的情况，您有权向行政机关提出询问或质疑，并要求其说明原因。如果行政机关无法给出合理解释或未采取补救措施，您还可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。