行政案件处理时间超过90天，并不必然违法，但需结合具体程序和法律规定判断是否构成程序违法，并可依法采取救济措施。以下是具体分析：

1. 行政案件处理期限的法定规定
   根据《中华人民共和国行政诉讼法》第八十一条，人民法院审理第一审行政案件，原则上应在立案之日起六个月内作出判决（特殊情况经批准可延长）。若案件涉及再审或二审，期限可能更长。
   若您指的是行政机关处理行政复议或行政处罚等案件，根据《行政复议法》第三十一条，行政复议机关应在受理申请之日起60日内作出决定（经批准可延长不超过30日）。若超过法定期限未处理，可能构成程序违法。

2. 超过期限的法律后果

   • 行政复议或行政处罚案件：若行政机关超过法定期限未作出决定，您可依据《行政复议法》或《行政处罚法》的相关规定，向其上级机关或法院申请督促履行，或直接提起行政诉讼，要求确认行政机关不作为违法，并责令其限期作出决定。
     
   • 行政诉讼案件：若法院超过审理期限未判决，您可依据《行政诉讼法》第九十一条，向上一级法院申请催办，或通过信访渠道反映情况。但需注意，法院审理期限的延长通常需经法定程序批准，若未批准则可能构成程序违法，您可在上诉或申诉时提出此问题。

3. 您的救济途径

   • 书面催告：向行政机关或法院提交书面催告函，要求其说明超期原因并尽快处理。
     
   • 申请复议或诉讼：若催告无果，可针对行政机关的不作为提起行政复议或行政诉讼；若针对法院，可向上级法院反映或申请再审。
     
   • 投诉举报：向行政机关的上级部门或纪检监察机关投诉，要求其监督下级部门依法履职。

4. 注意事项

   • 期限计算：需确认案件类型及适用的具体法律，准确计算法定期限（如行政复议一般为60日，可延长至90日）。
     
   • 证据保留：保留所有与案件相关的材料（如申请书、受理通知书、催告记录等），以证明行政机关或法院超期未处理。
     
   • 专业协助：若案件复杂，建议整理材料后直接向我咨询，我将结合具体案情为您制定更详细的维权方案。

总结：行政案件处理超期需分情况处理，关键是确认案件类型及适用的法定期限。若确认超期，您可通过催告、复议、诉讼或投诉等途径维护权益。如有疑问，欢迎随时向我提供案件细节，我将进一步为您分析。