针对您提出的“行政处罚立案到结案超过90天怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，行政处罚案件从立案到结案的时间并非固定不变，而是会受到多种因素的影响，包括案件的复杂性、涉及的法律条款、当事人的配合程度以及行政机关的工作效率等。

一、一般规定下的处理时间

在大多数情况下，如根据《市场监督管理行政处罚程序规定》，适用普通程序办理的案件应自立案之日起九十日内作出处理决定。这是行政机关处理案件的一个基本时间框架。然而，如果因案情复杂或其他原因无法在规定期限内作出决定，行政机关有权经过批准后延长处理时间。具体来说：

1. 经市场监督管理部门负责人批准，可延长三十日。
2. 若案情特别复杂或有其他特殊情况，经延期仍不能作出决定的，需由市场监督管理部门负责人集体讨论决定是否继续延期，并确定延长的合理期限。

二、特殊领域下的处理时间

除了上述一般规定外，不同领域的行政处罚案件还可能受到特定法律法规的约束。例如：

1. 农业行政处罚案件：依据《农业行政处罚程序规定》，自立案之日起六个月内作出行政处罚决定；因案情复杂、调查难度大等特殊情况可延长至一年，但需报上一级农业农村主管部门批准。
2. 公安机关办理治安案件：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可延长三十日。

三、超过规定时间的处理建议

如果您的行政处罚案件立案到结案确实超过了90天，甚至超过了相关法律法规规定的更长期限，您可以采取以下措施：

1. 与行政机关沟通：首先，您可以主动与负责处理案件的行政机关联系，了解案件的处理进度和原因。行政机关有义务向您说明案件的处理情况，并告知您预计的结案时间。
2. 查询案件信息：您有权通过合法途径查询案件的相关信息，包括案件的受理时间、处理进度、延期情况等。这有助于您更好地了解案件的处理情况，并作出相应的应对。
3. 申请行政复议或提起行政诉讼：如果您对行政机关的处理结果有异议，或者认为行政机关的处理时间过长且无正当理由，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

四、注意事项

在处理这类案件时，建议您保持耐心，并积极与行政机关沟通合作。同时，您也应了解自己的权益和救济途径，确保在案件处理过程中得到公正对待。如果行政机关的处理时间确实过长且无正当理由，您有权通过合法途径表达自己的诉求和异议。

综上所述，行政处罚案件的处理时间受多种因素影响，并非固定不变。如果您的案件立案到结案超过了规定时间，建议您与行政机关沟通、查询案件信息，并在必要时申请行政复议或提起行政诉讼以维护自己的合法权益。