原配起诉小三超过三年的转账记录，在符合一定条件下是可以起诉的。以下从多个角度为你详细分析：
诉讼时效角度
- 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，此类案件的诉讼时效一般为三年，从原配知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。如果超过诉讼时效期间再起诉，可能会面临丧失胜诉权的风险。但这里需要注意的是，诉讼时效的起算点很关键，如果原配在三年内一直不知道配偶给小三转账的事实，那么诉讼时效可能并未开始计算。
- 特殊情况：如果存在诉讼时效中断或中止的情形，诉讼时效可能会重新计算或延长。例如，原配在知道配偶给小三转账后，曾向小三主张过权利，或者存在其他不可抗力等导致原配无法及时行使权利的情况，都可能影响诉讼时效的计算。
证据角度
- 转账记录的有效性：超过三年的转账记录，只要其内容真实、完整，能够清晰显示款项的来源、去向、转账时间及金额，确保能直观反映配偶向小三进行了资金转移，那么它仍然是有效的证据。不过，随着时间的推移，转账记录的保存可能会面临一些挑战，如银行系统更新、记录丢失等，因此原配需要确保转账记录的完整性和可获取性。
- 其他证据的辅助：除了转账记录外，原配还可以收集其他相关证据来支持自己的诉求，如配偶与小三之间的聊天记录、通话录音等，若其中涉及转账原因、双方关系等内容，可作为辅助证据，进一步证实赠与行为的存在以及违背公序良俗的性质。这些证据与转账记录相互印证，可以增强案件的证明力。
法律适用角度
- 赠与行为的无效性：配偶未经原配同意，将夫妻共同财产赠与小三，既违背了公序良俗，也侵犯了原配对夫妻共同财产的合法权益。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，这种赠与行为是无效的，原配有权要求小三返还受赠财产。这一法律规定不受时间限制，只要赠与行为被认定为无效，原配就可以随时主张权利。
- 夫妻共同财产的处理权：夫妻对共同财产有平等的处理权。配偶擅自处分夫妻共同财产的行为侵犯了原配对共同财产的平等处理权，因此原配有权要求小三返还财产。这一权利同样不受时间限制，只要原配能够证明配偶的赠与行为侵犯了其合法权益，就可以主张返还。
实际操作建议
- 全面收集证据：原配在提起诉讼前，应尽可能全面地收集相关证据，包括转账记录、聊天记录、配偶的承认赠与的录音、证人证言等。这些证据将构成原配主张权利的基础，对于案件的胜诉至关重要。
- 咨询并委托律师：由于此类案件涉及复杂的法律关系和证据收集，建议原配在提起诉讼前咨询并委托专业律师。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助原配制定合适的诉讼策略，提高胜诉几率。
- 及时行使权利：虽然诉讼时效可能因各种原因而延长或中断，但原配仍应及时行使自己的权利。一旦发现配偶给小三转账的事实，应尽快收集证据并提起诉讼，以避免因时间拖延而导致证据丢失或诉讼时效过期等不利后果。
综上所述，原配起诉小三超过三年的转账记录在符合一定条件下是可以起诉的。但为了确保胜诉几率和保护自己的合法权益，原配需要全面收集证据、咨询并委托专业律师，并及时行使自己的权利。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。