结论：信用社借款因六元逾期利息扣费还清后，合同能否继续需分情况讨论，主要取决于合同约定、信用社政策及逾期情节严重程度。以下为具体分析：

1. 合同条款的约定
   首先需查看借款合同中关于“逾期处理”和“合同终止”的条款。若合同明确约定“借款人逾期还款（无论金额大小）即构成违约，贷款方有权单方解除合同”，则即使仅因六元逾期利息扣费导致逾期，信用社也可能依据合同主张终止合同。但若合同未明确此类条款，或仅规定“逾期超过一定期限（如30日）或金额达到一定标准（如本金的5%）时合同终止”，则六元逾期通常不构成合同终止的法定或约定事由。

2. 信用社的实际操作政策
   即使合同未明确终止条款，信用社作为金融机构可能存在内部操作规范。例如，部分信用社对“轻微逾期”（如金额极小、首次逾期）可能采取宽容态度，仅要求补缴费用并继续履行合同；但对“恶意逾期”（如多次逾期、拒不沟通）可能直接终止合同。建议直接联系信用社客服或贷款经办人，确认其内部政策及对本次逾期的处理态度。

3. 逾期情节的严重性
   法律上，合同终止需以“根本违约”为前提，即违约行为导致合同目的无法实现。六元逾期利息扣费通常属于轻微违约，若借款人已及时补缴且未对信用社造成实际损失（如资金占用成本、催收费用等），信用社主张终止合同可能缺乏合理性。但若借款人存在其他违约行为（如未按约定用途使用借款、提供虚假资料等），则可能叠加构成合同终止的理由。

建议行动：

1. 立即联系信用社，确认逾期是否已影响合同状态，并要求出具书面说明；
   
2. 若信用社主张终止合同，要求其提供合同依据或内部政策文件；
   
3. 保留所有还款凭证、沟通记录，以备后续维权；
   
4. 若对信用社处理结果有异议，可向当地银保监会或金融消费权益保护部门投诉，或通过诉讼主张合同继续履行。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。