协议只盖章，在大多数情况下是有效的，但具体效力需结合实际情况及法律规定来判断。以下是对这一问题的详细分析：

协议有效的通常情况

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，盖章是合同成立的有效方式之一。因此，如果协议上盖的章是真实有效的，且代表了当事人的真实意思表示，同时协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议仅盖章也是具有法律效力的。

举例说明：假设两家公司签订了一份技术合作协议，双方均加盖了公司公章，且协议内容合法合规，没有违反任何法律法规的强制性规定。在这种情况下，即使协议上没有双方代表的签字，该协议也是有效的，因为盖章已经代表了双方的真实意思表示。

影响协议有效性的特殊情况

1. 盖章主体不适格：

   • 若盖章的主体不具备相应的民事行为能力或没有签订该协议的权限，则协议可能无效。例如，公司内部的某个部门未经公司授权，擅自加盖部门印章签订合同，若对方明知该部门无此权限，则协议的效力会受到质疑。

2. 盖章不真实：

   • 如果协议上的盖章是伪造的，并非当事人真实使用的印章，那么该协议无法体现当事人的真实意思表示，因此可能无效。例如，他人私刻公司印章签订合同，公司对此不知情也未追认，则该合同对公司不发生效力。

3. 违反法律法规强制性规定或公序良俗：

   • 即使协议上盖了章，但如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了社会公德和公共利益（即公序良俗），那么该协议依然无效。比如，协议内容涉及非法交易、侵害他人合法权益等，这样的协议自始无效。

4. 协议中明确约定了签字和盖章的双重条件：

   • 如果协议中明确约定了“本协议自双方签字并盖章之日起生效”等类似条款，那么仅盖章而不签字可能无法满足协议的生效条件，此时协议可能不发生法律效力。

其他考虑因素

• 双方真实意思表示：除了盖章外，协议的有效性还要求双方有真实的意思表示，不能存在欺诈、胁迫等不正当手段。
• 内容合法性：协议的内容必须合法，不能违反国家法律法规的禁止性规定。
• 证据支持：在判断协议有效性时，有时还需要考虑其他相关证据，如双方的通信记录、交易习惯等，以综合评估协议的真实性和合法性。

总结与建议：协议只盖章在大多数情况下是有效的，但具体效力需根据盖章的真实性、盖章主体的适格性、协议内容的合法性以及双方的真实意思表示等因素来综合判断。在签订协议时，建议双方明确约定生效条件，并确保所有手续合法合规。如果您对协议的效力存在疑虑，或者遇到了相关的法律纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。