补充协议确实可以约定条款作废，但这一约定必须满足一定的条件才具有法律效力。以下是对这一问题的详细分析：
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应遵循自愿原则。这意味着，只要合同双方当事人经过协商一致，并在补充协议中明确表示废除原合同的某些条款，该约定即为有效。例如，双方可以在补充协议中明确写明“原合同中的第X条作废”，这样的约定是具有法律效力的。
符合法定形式：
- 如果原合同采用书面形式，补充协议也应以书面形式呈现。这是为了确保协议内容的明确性和可证明性。特别是当法律、行政法规或当事人约定要求书面形式时，必须严格遵守。如果补充协议没有以书面形式呈现，可能会因为形式不符合要求而被认定为无效。
内容合法合规：
- 补充协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，如果原合同中的某条款因为违反法律而无效，那么即使补充协议中约定该条款作废，也不会因此变得有效。同样，如果补充协议中约定废除的条款本身合法合规，且双方意思表示真实，那么该约定就是有效的。
实际操作建议：
- 在签订补充协议时，建议双方明确约定原合同中哪些条款作废，并详细描述作废的原因和后果。这样可以避免未来可能出现的纠纷和误解。
- 如果双方决定废止原合同的部分或全部条款，应在补充协议中清晰表述，并在双方共同见证下销毁原合同的相关部分或加盖作废章。这样做可以确保法律关系的清晰和明确，减少不必要的法律风险。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，其中约定了交货地点为A地。后来，由于某些原因，双方决定变更交货地点为B地，并签订了一份补充协议。在补充协议中，双方可以明确写明“原合同中的交货地点条款（即交货地点为A地）作废，现变更为交货地点为B地”。这样的约定就是有效的，因为双方协商一致，且内容合法合规。
可能产生的法律后果：
- 如果补充协议中约定条款作废的约定有效，那么原合同中的相应条款将不再具有法律效力，双方应按照补充协议的约定履行义务。
- 如果补充协议中的约定因为违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗而无效，那么原合同中的相应条款将继续有效，双方仍需按照原合同的约定履行义务。
综上所述，补充协议可以约定条款作废，但必须满足协商一致、符合法定形式、内容合法合规等条件。在实际操作中，建议双方谨慎处理补充协议与原合同的关系，确保双方权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。