补充协议作废的核心方式包括协商解除、法定解除及因内容违法而无效三种情形，具体分析如下：

1. 协商解除
   若双方对作废补充协议达成一致，可通过签订书面解除协议或出具书面声明的方式明确作废。根据《民法典》第五百六十二条，当事人协商一致可解除合同，此方式成本最低、效率最高。需注意：

   • 解除协议需明确原补充协议的名称、签订时间及作废意愿；
     
   • 建议双方签字盖章并留存原件，避免口头约定引发争议。

2. 法定解除
   当补充协议存在法定解除事由时，一方可单方通知对方解除合同。常见情形包括：

   • 根本违约：如一方未按约定履行主要义务（如未支付款项、未交付标的物），经催告后仍未履行；
     
   • 情势变更：合同成立后因不可归责于双方的原因导致继续履行显失公平（如政策调整、市场重大变化），但需通过法院或仲裁机构确认；
     
   • 不可抗力：因自然灾害、战争等无法预见、避免的客观情况导致合同目的无法实现。
     需注意：法定解除需符合严格条件，且解除通知需以书面形式送达对方，保留送达证据（如邮寄回执、电子确认记录）。

3. 因内容违法而无效
   若补充协议内容违反法律、行政法规的强制性规定（如规避税收、限制竞争），或违背公序良俗（如约定违法交易），则自始无效。例如：

   • 约定“双方不得向监管部门举报对方违法行为”的条款，因妨碍行政监管而无效；
     
   • 约定“一方放弃所有诉讼权利”的条款，因剥夺法定权利而无效。
     需注意：无效认定需由法院或仲裁机构作出，个人主张无效时需提供充分证据（如协议文本、违法事实证明）。

操作建议：

• 若选择协商解除，优先通过书面协议明确作废，避免口头约定；
  
• 若主张法定解除，需先催告对方履行义务（如发送《履约催告函》），保留催告证据；
  
• 若怀疑协议违法，可向市场监管部门或行业主管部门咨询，必要时通过诉讼确认无效。
  

如有具体协议内容或争议场景，可进一步向我说明，我会结合条款细节提供针对性分析。