合同生效后，双方确实可以补充约定条款作废的情形，这通常通过签订补充协议的方式来实现。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、补充协议的法律效力
补充协议与原合同的关系：
- 补充协议是对原合同内容的补充或变更，它与原合同具有同等的法律效力。当补充协议与原合同内容不一致时，一般以补充协议为准，除非补充协议另有约定或法律另有规定。
补充协议的签订：
- 双方当事人在平等、自愿的基础上，经过协商一致，可以签订补充协议。补充协议应当明确约定作废的条款内容、作废的原因以及作废后的法律后果等。
二、补充约定条款作废的情形
双方协商一致作废：
- 双方当事人在补充协议中明确约定某些原合同条款作废，这是最常见且合法的方式。例如，双方可能因为市场环境变化、政策调整等原因，认为原合同中的某些条款不再适用，因此通过补充协议予以作废。
因法定情形作废：
- 根据法律规定，某些合同条款可能因违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗而无效。在这种情况下，即使双方没有签订补充协议，这些条款也会被视为作废。但需要注意的是，这种情况下的作废并非基于双方的补充约定，而是基于法律的直接规定。不过，在补充协议中，双方也可以明确提及这些法定作废的情形，以增强协议的明确性和可执行性。
因条件成就或期限届满作废：
- 双方可以在补充协议中约定某些条款在特定条件成就或期限届满时自动作废。例如，双方可能约定某个优惠条款在合同履行满一定期限后自动失效，或者某个保密条款在双方合作结束后一定期限内仍然有效，但超过该期限后自动作废。
三、补充协议签订时的注意事项
明确约定作废条款：
- 在补充协议中，应当明确、具体地约定哪些原合同条款作废，避免使用模糊、歧义的语言。
考虑作废后的法律后果：
- 双方应当考虑作废条款后可能产生的法律后果，如是否需要重新约定其他条款来替代作废的条款，以及作废条款后是否会影响合同的履行等。
遵循法律程序：
- 签订补充协议时，双方应当遵循法律程序，如签字、盖章等，以确保补充协议的法律效力。
四、实际案例
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，其中约定了某种商品的交付时间和价格。后来，由于市场价格波动较大，双方认为原合同中的价格条款不再适用。于是，他们签订了一份补充协议，明确约定原合同中的价格条款作废，并重新约定了新的价格。这份补充协议就是双方对原合同条款进行补充约定作废的一个典型例子。
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