结论前置：在中标公告发出后，若仅对招标代理公司提出质疑而尚未向财政部门提出质疑时签订合同，其合理性需分情况讨论，具体取决于质疑事项的性质、招标文件的规定以及相关法律法规的要求。以下从不同角度进行分析：

1. 质疑事项的性质与合同签订的关系

• 若质疑事项不影响合同效力：如果质疑仅涉及招标过程中的某些程序性瑕疵（如公告发布时间、评标委员会组成等），且这些瑕疵并未实质性影响中标结果或合同履行，那么在中标公告发出后签订合同可能是合理的。但需注意，即使质疑事项看似轻微，也应确保招标过程完全符合法律法规和招标文件的要求，以避免后续纠纷。
• 若质疑事项可能影响合同效力：如果质疑事项涉及中标结果的合法性、公正性（如围标、串标、虚假投标等），或者质疑事项直接关联到合同条款的合法性或可执行性，那么在中标公告发出后立即签订合同可能存在风险。此时，应等待质疑处理完毕，确保中标结果和合同条款均合法有效后再签订合同。

2. 招标文件的规定

• 招标文件明确规定：如果招标文件明确规定了在中标公告发出后、签订合同前必须完成所有质疑程序，或者规定了质疑期间不得签订合同，那么应严格遵守招标文件的规定。违反招标文件规定签订合同可能导致合同无效或面临其他法律后果。
• 招标文件未明确规定：如果招标文件未对质疑期间签订合同作出明确规定，那么应根据相关法律法规和行业惯例来判断。在此情况下，建议谨慎行事，尽可能在质疑处理完毕后再签订合同，以降低法律风险。

3. 相关法律法规的要求

• 《招标投标法》及相关规定：根据《招标投标法》及相关规定，中标通知书发出后，招标人和中标人应当按照招标文件和投标文件订立书面合同。然而，这并不意味着在质疑期间可以随意签订合同。如果质疑事项可能影响中标结果的合法性或合同条款的合法性，那么应暂停签订合同，等待质疑处理完毕。
• 财政部门的规定：如果质疑事项涉及财政资金的使用或管理，且财政部门有明确规定要求在中标公告发出后、签订合同前必须完成质疑程序或获得财政部门的批准，那么应严格遵守这些规定。违反财政部门规定签订合同可能导致合同无效或面临财政处罚。

4. 实际操作建议

• 谨慎行事：在中标公告发出后，即使仅对招标代理公司提出质疑而尚未向财政部门提出质疑，也应谨慎行事。建议先了解质疑事项的性质和可能的影响，再决定是否签订合同。
• 咨询专业意见：如果质疑事项复杂或涉及重大利益，建议咨询专业律师或相关机构的意见，以确保合同签订的合法性和有效性。
• 保留证据：在签订合同前，应保留好所有与质疑事项相关的证据和文件，以备后续需要时使用。

总结：在中标公告发出后质疑到了招标代理公司但是还没质疑到财政部门就签合同是否合理，取决于质疑事项的性质、招标文件的规定以及相关法律法规的要求。建议谨慎行事，尽可能在质疑处理完毕后再签订合同，以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。