违规留存涉密文件属于严重违法行为，需根据具体情节承担行政责任或刑事责任，同时可能面临单位内部处分。具体处理方式需结合文件密级、留存目的、是否造成危害后果等因素综合判断。以下是详细分析：

一、法律责任层面

1. 行政责任
   根据《中华人民共和国保守国家秘密法》第四十八条，非法复制、记录、存储国家秘密的，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

   • 单位处理：涉事人员可能面临警告、记过、降级、撤职、开除等处分（依据《行政机关公务员处分条例》第二十六条）。
     
   • 行政处罚：若留存行为未达刑事标准，可能被处以警告、罚款、没收违法所得等行政处罚（依据《保密法实施条例》第三十五条）。

2. 刑事责任
   若留存涉密文件情节严重，可能构成《刑法》第二百八十二条规定的非法持有国家秘密文件罪或故意泄露国家秘密罪：

   • 非法持有国家秘密文件罪：明知是涉密文件仍非法持有，拒不说明来源与用途的，处三年以下有期徒刑、拘役或管制。
     
   • 故意泄露国家秘密罪：若将涉密文件内容泄露给无关人员或境外机构，根据泄露密级与后果严重程度，处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

二、处理流程与建议

1. 立即采取补救措施

   • 封存文件：第一时间将涉密文件移交至单位保密部门或国家保密行政管理部门，避免进一步扩散。
     
   • 自查自纠：配合单位或相关部门调查，如实说明文件来源、留存目的及是否泄露，争取从轻处理。

2. 配合调查与举证

   • 若被立案调查，需积极配合公安机关、国家安全机关或保密行政管理部门的询问，提供相关证据（如文件留存记录、使用痕迹等）。
     
   • 注意：隐瞒或销毁证据可能加重法律责任。

3. 法律辩护与权利维护

   • 若对处理结果有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 刑事辩护：若被刑事立案，建议委托专业律师介入，从主观故意、情节轻重、社会危害性等角度争取减轻处罚或免于起诉。

三、特殊情形说明

1. 过失留存
   若因疏忽大意未及时归还涉密文件，但未造成泄露后果的，可能仅承担行政责任，但需以“情节轻微”为前提（如文件密级较低、留存时间较短）。

2. 单位管理责任
   若单位未履行保密管理职责（如未定期清退涉密文件、未开展保密教育），可能面临行政处罚，同时需对涉事人员的管理过失承担连带责任。

温馨提示：涉密文件管理关乎国家安全，任何单位或个人均需严格遵守保密规定。若您或您所在单位涉及此类问题，可直接向我咨询具体应对方案，我将结合案件细节提供专业法律意见。