私自留存密件的处罚需根据密件等级、行为性质及后果综合判定，可能涉及行政处罚或刑事责任。具体分析如下：

1. 若密件为国家秘密，且情节较轻（如未造成严重后果）
   根据《中华人民共和国保守国家秘密法》第四十八条，非法持有国家秘密载体（如文件、资料等）的，依法给予处分（如警告、记过、降级等）；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   实务中：若行为人因疏忽未及时归还密件，但主动上交且未泄露内容，可能仅受行政处分；若拒不上交或试图传播，则可能涉嫌“非法持有国家秘密罪”。

2. 若密件为国家秘密，且情节严重（如造成泄密后果）
   根据《刑法》第二百八十二条，以窃取、刺探、收买方法非法获取国家秘密的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
   关键点：若私自留存行为伴随传播、出售等行为，可能同时触犯“故意泄露国家秘密罪”或“为境外窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密罪”，处罚更重。

3. 若密件为商业秘密或个人隐私

   • 商业秘密：根据《反不正当竞争法》第九条，侵占、披露商业秘密的，需承担民事赔偿责任；若造成重大损失，可能构成《刑法》第二百一十九条的“侵犯商业秘密罪”，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     
   • 个人隐私：根据《民法典》第一千零三十二条，私自留存他人隐私信息可能侵犯隐私权，需承担停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任；若非法获取、出售或提供个人信息，可能触犯《刑法》第二百五十三条之一的“侵犯公民个人信息罪”。

建议：若您或他人涉及私自留存密件行为，需立即评估密件性质、留存目的及后果，必要时主动向相关部门说明情况或委托律师介入，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对方案。