结论：员工在交通事故中负主要责任时，公司是否需要赔偿取决于多个因素，主要包括事故是否与工作相关、是否构成工伤以及公司在事故中的责任等。以下是对此问题的详细分析：
一、事故与工作相关且构成工伤的情况
认定条件：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，或在工作时间和工作场所内因工作原因受到交通事故伤害，应认定为工伤。若员工在交通事故中负主要责任，但事故发生在上下班途中且非员工故意造成，仍有可能被认定为工伤（需具体分析事故细节及地方规定）。然而，若员工在执行工作任务过程中因个人疏忽或违规操作导致事故并负主要责任，且该行为被认定为与工作直接相关，则更可能构成工伤。
公司赔偿责任：
- 缴纳工伤保险：若公司依法为员工缴纳了工伤保险，大部分赔偿项目（如医疗费用、康复费用、住院伙食补助费、交通食宿费、一次性伤残补助金等）将由工伤保险基金支付。公司需承担停工留薪期内的原工资福利待遇、五级或六级伤残职工的伤残津贴（难以安排工作时），以及终止或解除劳动合同时的一次性伤残就业补助金。
- 未缴纳工伤保险：若公司未参加工伤保险，则所有应由工伤保险基金支付的费用及用人单位应承担的费用，均需由公司全额承担。
雇主的追偿权：
- 依据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条，如果雇员因故意或者重大过失致人损害（包括自身损害，在特定情境下可类比理解），雇主在承担赔偿责任后，有权向该雇员追偿部分或全部赔偿费用。这意味着，若员工因重大过失导致事故并负主要责任，公司在承担工伤赔偿责任后，有权向员工追偿。
二、事故与工作无关或不构成工伤的情况
非工作原因与非工作时间：
- 若交通事故发生在员工个人时间，如休假、上下班途中（但未被认定为工伤的情况）等，且事故责任主要由员工个人承担，公司通常无需承担赔偿责任。
公司过错情况：
- 即使事故不构成工伤，但若公司对事故的发生存在过错（如安排员工驾驶存在安全隐患的车辆、未提供必要的安全培训等），员工可依据《民法典》等相关法律法规要求公司承担相应的侵权赔偿责任，包括医疗费、误工费等合理损失。
三、特殊情形与建议
员工故意或重大过失：
- 若员工存在故意或重大过失导致交通事故发生，且与工作任务无关，公司可能不承担赔偿责任。但具体需根据事实和法律规定判断，且公司仍需关注是否因管理疏忽等间接因素需承担一定责任。
工伤与侵权赔偿并存：
- 在某些情况下，员工可能同时主张工伤和侵权赔偿（如交通事故由第三方造成）。此时，员工可依据不同法律关系获得双重赔偿，但在医疗费等赔偿项目上一般遵循就高不就低原则。用人单位在承担工伤赔偿责任后，有权向侵权方追偿。
建议：
- 及时报警与认定：事故发生后，应及时报警并由交警部门出具交通事故责任认定书，以明确各方责任。
- 了解保险情况：公司应了解自身的保险情况，包括交强险和商业险的覆盖范围，以便在需要时及时申请理赔。
- 寻求法律帮助：对于可能涉及的赔偿问题，建议公司及时咨询专业律师（即我），以确保合法权益得到有效维护。
总结：员工在交通事故中负主要责任时，公司是否需要赔偿需根据具体事实情况和法律规定来判断。在处理此类问题时，应综合考虑事故是否与工作相关、是否构成工伤、公司是否已缴纳工伤保险以及公司是否存在过错等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。