当单位注销后，员工若需要确定仲裁主体以维护自身合法权益，可以遵循以下步骤和原则来进行：
一、确认单位注销情况
首先，员工需要通过查询工商登记信息、相关公告或咨询当地工商行政管理部门，来确认单位的注销时间、注销原因以及是否已经完成了清算程序。这是确定后续仲裁程序和被申请人的基础。
二、确定适格的被申请人
一般情况：
- 如果单位是依法清算后注销的，那么根据清算报告，员工可以将股东、出资人或主管部门作为被申请人。例如，在有限责任公司中，股东在公司注销后可能成为承担责任的主体。
特殊情况：
- 若单位未经依法清算即办理注销登记，导致无法进行清算，根据《劳动人事争议仲裁办案规则》等相关规定，员工应当将单位和其出资人、开办单位或者主管部门作为共同当事人。
- 如果单位在注销时，股东或第三人在公司登记机关承诺对公司债务承担责任，那么该股东或第三人也将成为仲裁责任的承担主体。
- 若仲裁期间公司被注销，员工可以根据实际情况增减被申请人，以确保相关责任人能够履行生效裁判书。
三、准备仲裁申请材料
在确定了适格的被申请人后，员工需要准备以下仲裁申请材料：
- 仲裁申请书：详细陈述劳动争议的事实、理由和请求，包括工作起止时间、约定的工资待遇、实际发放情况以及拖欠的具体金额和时间段等信息。
- 证据材料：收集能够证明与原单位存在劳动关系以及权益受损的各类证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、加班通知、离职证明等。
- 身份证明：提供员工本人的身份证原件及复印件。
- 被申请人主体资格证明：收集被申请人（如股东、出资人或主管部门）的相关信息及证明材料，如股东的身份证明、工商登记资料等。
- 单位注销证明：提供单位注销的相关证明文件，如工商注销登记通知书等。
四、选择有管辖权的仲裁机构和提交申请
员工应根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，判断自身情况是否属于可仲裁范围，并选择合适的仲裁机构。一般来说，员工可以向劳动合同履行地或者单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果劳动合同履行地和单位所在地不一致，员工可以选择其中一地的仲裁委申请。
在提交申请时，员工应按照仲裁机构的要求填写相关表格，并提交上述准备好的材料。
五、参与仲裁程序和注意事项
- 在仲裁过程中，员工应积极配合仲裁机构的工作，按时参加庭审，提供证据并进行质证。
- 保持与仲裁机构的沟通，及时了解案件进展。
- 妥善保存相关证据材料，以备后续使用。
- 如对仲裁裁决不服，员工可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。
六、法律依据
在处理此类问题时，员工可以依据《劳动人事争议仲裁办案规则（2017年版）》第六条以及《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条等相关法律法规来维护自己的合法权益。
综上所述，即使用人单位注销，员工依然可以通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。关键在于准确确定责任承担主体，并依据相关法律和仲裁规则灵活调整仲裁程序。在整个过程中，建议员工咨询专业律师或法律机构以获取更具体的法律建议和帮助。