关于短期实习转长期实习是否会扣工资的问题，结论是：这主要取决于实习协议或劳动合同中的具体约定，以及公司内部的规章制度，一般情况下，若没有特殊约定或规定，公司不应无故扣减工资。以下从不同角度为你详细分析：
实习协议或劳动合同的约定：
- 在你从短期实习转为长期实习时，如果与用人单位签订了新的实习协议或劳动合同，或者对原有的协议进行了修改，那么工资待遇、支付方式等关键条款应当明确约定。
- 如果协议中明确规定了短期实习和长期实习的工资标准，且没有提及转换实习类型时会扣减工资，那么公司就应当按照协议约定的标准支付工资，不应无故扣减。
公司内部规章制度：
- 除了实习协议或劳动合同外，公司内部可能还有关于实习工资支付的规章制度。
- 你需要查看这些规章制度，了解其中是否有关于短期实习转长期实习时工资支付的具体规定。如果规章制度中没有相关规定，或者规定与实习协议/劳动合同相冲突，那么应当以实习协议/劳动合同为准。
法律法规的保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权获得与其劳动相应的报酬，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。
- 如果你从短期实习转为长期实习后，公司无故扣减你的工资，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
实际操作中的建议：
- 在你从短期实习转为长期实习前，最好与用人单位就工资待遇等关键条款进行明确沟通，并确保这些条款在实习协议或劳动合同中得到体现。
- 如果公司提出扣减工资的要求，你可以要求公司给出合理的解释和依据，并考虑是否接受这一要求。如果认为公司的要求不合理或违法，你可以拒绝并寻求法律帮助。
总结来说，短期实习转长期实习是否会扣工资，并没有一个固定的答案，而是取决于实习协议或劳动合同的约定、公司内部规章制度以及法律法规的保障。如果你对此有疑问或担忧，建议你在转换实习类型前与用人单位进行明确沟通，并确保自己的权益得到充分保障。如果你在实习过程中遇到任何法律问题或纠纷，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。