基金委不让支付专利代理费是否合理，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要结合具体情况和相关规定来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
合同约定角度：
- 如果基金委与专利代理机构或申请人之间有明确的合同约定，规定了专利代理费的支付方式、条件或限制，那么基金委的行为是否合理，首先要看这些合同条款。
- 如果合同中明确规定了基金委在某些情况下可以拒绝支付专利代理费，且这些情况与当前情形相符，那么基金委的行为可能是合理的。
- 反之，如果合同中没有相关规定，或者基金委拒绝支付的理由与合同条款不符，那么基金委的行为可能构成违约，是不合理的。
法律法规角度：
- 在专利申请过程中，专利代理费通常是由申请人或专利权人承担的，除非有特别的法律规定或合同约定。
- 如果基金委作为资助方，其资助范围并不包括专利代理费，或者资助条件中明确排除了专利代理费的支付，那么基金委拒绝支付可能是合理的。
- 但如果基金委的资助行为受到相关法律法规的约束，且这些法律法规明确规定了基金委应当承担或可以承担专利代理费，那么基金委拒绝支付则可能违反法律法规，是不合理的。
实际操作与公平原则角度：
- 在实际操作中，基金委与专利代理机构或申请人之间的费用支付问题，往往也受到公平原则的影响。
- 如果基金委拒绝支付专利代理费导致专利代理机构或申请人遭受不公平的损失，或者这种拒绝支付行为破坏了行业内的公平竞争环境，那么基金委的行为可能被视为不合理。
- 另一方面，如果基金委有合理的理由（如资金短缺、项目调整等）拒绝支付，且这种拒绝支付行为并未对专利代理机构或申请人造成不公平的影响，那么基金委的行为可能在一定程度上是可接受的。
建议：
- 如果你作为申请人或专利代理机构，遇到基金委拒绝支付专利代理费的情况，首先应当仔细审查与基金委之间的合同条款，了解双方的权利和义务。
- 同时，你也可以咨询相关的法律法规，了解基金委的资助行为是否受到法律约束，以及这些约束是否涉及专利代理费的支付问题。
- 如果合同和法律法规均未给出明确答案，或者基金委的行为明显违反了合同或法律法规的规定，你可以考虑通过协商、调解或诉讼等方式来维护自己的合法权益。
最后，如果你对这个问题还有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。我在商标权、版权域名领域有着丰富的经验，愿意为你提供专业的法律帮助。